MATRAS - MArkovian TRAnsition of Structure evolution  

奈良先端大学(2017年6月現在では阪大蛋白研)にサーバがある、構造情報を含めたアライメントをするためのWebサービスです。
シーケンスのみの比較では当然、立体構造は考慮されず、本当に一致して欲しい残基がうまくアライメントされないときがあります(活性残基など)。もちろん構造情報は必要ですが、構造情報と合わせてアライメントしてくれるのでそのようなときに威力を発揮しそうです。
アライメントはPDB IDまたはPDBファイルで行うことができます。
日本語で説明があるのがうれしいところ(^^)。

 

利用できるコマンドは以下の通りです(MATRASトップページより)。

引用文献  

Kawabata T.
MATRAS: a program for protein 3D structure comparison
Nucleic Acids Res. 2003 Vol 31, 3367-9. -- PubMed

 

Kawabata T., Nishikawa.K.
Protein tertiary structure comparison using the Markov transition model of evolution
Proteins, 2000 vol 41, 108-122. -- PubMed

外部リンク