CCP4のプログラムリスト
CCP4には膨大な数のプログラムが収録されています。ここではどんなプログラムがあるかを網羅してみようという無謀ともいえる試みをしてみます。
英語で書いてある説明はタイトルを写しただけです。使ったことないプログラムなのでよーわかりません ![[huh]](image/face/huh.png)
| A | |
|---|---|
| ACORN | ab initio Phasing at Atomic Resolution |
| AMORE | 分子置換 |
| ANISOANL | Analyse anisotropic U parameters |
| AREAIMOL | 溶媒との接触面積を計算する |
| ARP/wARP | 自動モデリング |
| ASTEXVIEWER | ？ |
| B | |
| BAVERAGE | Temperature Factor Analisys |
| BEAST | Likelihoodベースの分子置換 |
| BP3 | Multivariate likelihood substructure refinement and phasing |
| C | |
| CAD | MTZのマージ |
| CCP4MG | CCP4 Molecular Graphiscs。お絵かき |
| CHAINSAW | Create MR search model。分子置換のモデルの配列を置き換える。MrBUMPでも使われる。 |
| COMBAT | スケール前のデータのインポート。DENZOのYork形式の変換に使う。 |
| CONTACT | Compute contacts in protein structures |
| COORDCONV | Convert coordinate file format |
| CRANK | Automated structure solution package |
| D | |
| DETWIN | Treat twinned data |
| DM | Density modification |
| DTREK2MTZ | DENZOまたはd*trekのスケール前データをインポートできるらしい。 |
| E | |
| ECALC | Prepare and/or normalise reflection data for experimental phasing programs |
| F | |
| F2MTZ | Convert reflection file to MTZ format |
| FFFEAR | Fast Fourier Feature Recognition for density fitting |
| FFJOIN | Merge model fragments obtained from FFFEAR |
| FFT | 電子密度図を描く |
| FFT(PATTERSON) | パターソンマップを描く→PATTERSON |
| FHSCAL(SCALEIT) | データセットのスケーリングを行う |
| FREERFLAG | FreeRフラッグをたてる。Convert to/modify/extend MTZ |
| L | |
| LSQKAB | 分子の重ね合わせ |
| M | |
| MAPMAN(FFT) | 電子密度図を描く→FFT |
| MAPMASK | Edit/Rotate Map & Mask |
| MAPMASK(FFT) | →FFT |
| MAPMASK(PATTERSON) | パターソンマップを描く→PATTERSON |
| MAPROT | Cutting out density. Cut density from a map for use in molecular replacement search |
| MAPROT | For averaging. Map averaging |
| MAPROT | Interpolation & rotation. Edit/Rotate Map & Mask |
| MATTHEWS | 溶媒含量の計算 |
| MBKALL(FFT) | →FFT |
| MLPHARE | Refine heavy atom positions |
| MODELLER | Edit protein structure |
| MOLREP | 分子置換 |
| MOSFLM | 回折イメージの積分 |
| MTZ2VARIOUS | MTZファイルのフォーマット変換。CNS用に変換するときなどに使う |
| N | |
| NCONT | Compute contacts in protein structures |
| NCSREF | NCS Phased Refinement |
| NCSMASK | Create & edit mask |
| NPO | →PATTERSON |
| O | |
| OASIS | Direct methods procedure to break OAS/SIR phase ambiguity |
| OVERLAPMAP | Map correlation |
| P | |
| PDBCUR | Edit PDB file |
| PDBSET | PDBファイルフォーマットの編集 |
| PEAKMAX | →PATTERSON |
| PHASER | 分子置換 |
| PHISTATS | Analysis of phase set agreement |
| PIRATE | Phase improvement |
| PISA | Protein Interfaces, Surfaces and Assemblies(ウェブサービス) |
| PROCHECK | タンパク構造の検証 |
| PROFESS | Search for NCS in substructure |
| RANTAN | Direct methods |
| RABATCH | Sort/Reindex MTZ files |
| REFMAC5 | モデル精密化 |
