構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
MOLMOL 2K.2のインストール 
CentOS6
2013/08/19：CentOS 6.4(x86_64)でインストール確認
2010/09/09
MOLMOLのインストールを行います。いくつかファイルを修正する点がありますが、手順はシンプルです。Vineの場合のポイントはlibGLw(GL Widgets)です。CentOS 6では標準パッケージのみで対応可能でした。
- 参考 -- http://blog.louic.nl/?p=397
- ソースなどの修正はこのページで知りました。感謝！
ファイルのダウンロード
すでにサポートはされておらず、ダウンロードサイトだけが存在します。作者の方が異動(?)されたらしく、場所が変わっています。
- http://jedi.mathstat.dal.ca/MOLMOL/ - ダウンロードサイト
- http://www.mol.biol.ethz.ch/groups/wuthrich_group/software - no longer able to supportと書いてある(2013/08/19確認)
上記のサイトにはMolMol-2k.2.0.zip(Windows版?)およびMolMol2k2.0.tar(Linux版)があります。Linuxでビルドする場合はMolMol2k2.0.tarをダウンロードして展開すると必要なファイルが含まれています。
依存パッケージのインストール
Vine 5の場合
- aptでのインストール
- ビルドするためのパッケージをインストールします。
- openMotif-devel
- libXp-devel
- libGLwについて
- また、Motifに対応したlibGLwが必要なので以下のパッケージをインストールします。mesaパッケージをGLw、Motifを有効にしてビルドしたものです。詳細はパッケージ置き場を参照して下さい。
なお、libGLwを作成したSPECファイルも置いておきます。ソースはmesa-libGL-7.4.1-2vl5です。
CentOS 6の場合
2013-08-19追記 by どぶお
CentOS 6.4でインストールを確認しました。 依存パッケージはyumでインストール可能なようです。依存が結構多いのですが、とりあえず以下のパッケージが必要です。それ以外はエラーが出るたびに追加してください。
- mesa-libGLw-devel (Motif等もインストールされる)
- libtiff-devel
- libXpm-devel
以降、MOLMOL本体のインストールはVine5と同様です(パッチも共通でした)。
展開とファイルの修正
FTPサイト( ftp://ftp.mol.biol.ethz.ch/software/MOLMOL/ )からダウンロードします。この中のunix-gzip中molmol-2k.2.0-src.tar.gzおよびmolmol-2k.2.0-doc.tar.gzをダウンロードします。
アーカイブファイルをダウンロードしたら適当なディレクトリに展開します。トップディレクトリが存在しないので/usr/local/molmol-2k.2.0を作成します。展開後、パッチを当てます。
molmol-2k.2.0-vl51.patch -- ソースなどの修正パッチ(2010-09-09版;CentOS 6.4でも使用可能)
# cd /usr/local # mkdir /usr/local/molmol-2k.2.0 # cd /usr/local/molmol-2k.2.0 # tar zxvf molmol-2k.2.0-src.tar # tar zxvf molmol-2k.2.0-doc.tar
展開したらパッチファイルを当て、リンクをはります。
# patch -p1 < molmol-2k.2.0-vl51.patch # ln -s makedef.lnx.mesa makedef
インストール
後はmakeしてインストールスクリプトを実行するだけです。
# make # ln -s src/main/molmol molmol.lnx # ./INSTALL
以上で完了です。
セットアップ
インストールディレクトリにパスを通せば使用可能になります。.cshrcなどに記述して下さい。
setenv PATH /usr/local/molmol-2k.2.0:$PATH
