COOT  

最新版0.6 / 2009年12月4日
対応OSLinux, MacOS, Microsoft Windows
種別Model building
公式サイトhttp://www.biop.ox.ac.uk/coot/

使い易いインタフェースを備えたモデルビルディング用プログラムです。基本操作は非常にわかりやすいため、初めてでもあまり違和感無く使いはじめることができます。基本操作を解説したマニュアルも用意されており、一通り読めば十分に使いこなせるようになるでしょう。簡単なだけではなく強力なスクリプト機能も搭載しており、ルーチン作業などをスクリプトにしてしまうことも可能です。APIも用意されており、他のプログラムから操作することもできるようです。
精力的に開発が進められているようでバージョンアップの頻度は高いです。そのためCCP4のパッケージに含まれている バージョンが古いことがあり、後から単独でインストールするのをおすすめします。なお、0.5以降のCootではgtk2インタフェースが標準になりつつあり、RedHat8またはUbuntu以外では操作性が変わりました。私はVineなので未だにgtk1のインタフェースですがその他はgtk2に変わっています。RedHat8リリースがなくなるとちょっとめんどくさいなぁ・・・

Change logっぽいもの  

詳しい内容はリリースノートを確認してもらうとして、ちょっとだけメモ程度に残しておきます。

0.5.2  

0.5.1  

0.4.1 -> 0.5  

など。

 

ちなみにスプラッシュウィンドウ(起動時のウィンドウ)はCootが寿司をつついています [heart]

開発コード名の謎  

リリースノートをぼけーと見てたら開発コード名も書いてあることに気がつきました。それにしても何でしょう、これ・・・

ReleaseCode name
0.5.2Uneno
0.5.1Uneno
0.5Ueno(上野?)
0.4.1Kendall^2
0.4Kendall
0.3.3The Early Bird Catches the Bugs
0.3.2Don't Bet on the River
0.3.1Another Basil Grande?
0.3Basil Grande
0.2Arashiyama Park(嵐山公園?)
0.1.2Athenian Bride
0.1.1New Groom
0.1.0New Broom
0.0.32Oranger Hat
0.0.31Anniversary (Indian Hat) Release

0.0.30以前はコード名はないようです。これより前のバージョンはしょっちゅうリリースされていたのでまだβ版だったということでしょうか。ま、別になんてことはありませんが。中には日本の地名と思われる名前も・・・

使ってみた  

0.5をちょっとだけ使ってみました。CNSで処理後に出力されたPDBを読み込んだときに分子が灰色になりました。どうやらこのバージョンからPDBのELEMENTカラムを読み取るようになったようです(77,78桁目のフィールド;COOT MLにも同様の問題提起がありました:2008-09-26)。CNSで出力されたPDBにはELEMENTカラムが出力されないので原子種が認識されずにそのようになっているようです。
とりあえずCCP4のPDBSETでフォーマットを整えたところ、ちゃんと表示されました。ちょっとめんどくさい・・・

% pdbset xyzin refine.pdb xyzout refine_ccp4.pdb <<EOF
EOF

これでELEMENTカラムが追加されたrefine_ccp4.pdbが作成されます。

 

しばらく使ってみましたがちょっとした問題。Edit chi anglesで0.4.1では選択中の結合が緑色にハイライトされましたが、0.5ではされないようです。MLによると0.5.1では解消する予定らしいです。

 

なお、0.5.2ではELEMENTカラムを参照するという仕様は以前のものに戻り、CNSの後にPDBSETをしなくてもいいようになったようです(結構MLでも話題になってたからなぁ・・・)。

 

2008-10-09:WinCootを使ってみました。Linux版になれているせいか若干動きがもたつくような気がします。ちなみに私の環境ではLinuxよりもWindowsの方がグラフィックスもCPUも高性能なんですが・・・でも、なんかインタフェースの外見が親切になってる気がしますね。

関連ページ  

引用文献  

Emsley P, Cowtan K.
Coot: model-building tools for molecular graphics.
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Dec;60(Pt 12 Pt 1):2126-32. Epub 2004 Nov 26.

外部リンク