構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール LIGPLOTを使ってみよう
LIGPLOTのインストール 
ソースファイルの取得
このご時世に珍しく入手はめんどくさいです(--;。
取得可能になるまで10日前後かかりますので余裕を持った方がいいでしょう。
取得できるファイルは、
になります。
機密保持契約の送付
LIGPLOTのページに行き、そこからConfidentiality Agreementを取得します。このテキストファイルを印刷し、名前などを書いてFAXで送信します。印刷様式に特に指定はないと思いますが、あまり多くても何なので私は2ページに収まるように印刷しました(念のため全部)。
記述内容
- 初めの部分、In regard to the LIGPLOT...には利用者の名前を書きます(Dobuo BIODAなど)。
- 3. Research shall take place...には組織名を書きます(RIKEN, Harimaなど)。
- For and on behalf ofにはサインと日付を入れます。
- e-mail addressにはメールアドレスを書きます。
ここで記述したメールアドレスにファイル取得の情報が届きますので、ハッキリと記述して下さい。
記述したら契約書中に書かれている番号あてにFAXを送信します(当然ですが送信先は英国になります)。私はファインモードで送りましたが問題なかったようです。
ファイルの取得
作者の状況にもよると思いますが私の場合は送付してから10日ぐらいでLIGPLOTというタイトルのメールが届きました。
メールの中には取得方法とパスワードが書かれていますのでそれに従って取得します。最低限HBPLUSとLIGPLOTのソースファイルが必要になります。
インストール
インストールはさほど難しくありません。取得時期によってバージョンが異なると思いますが、機能は基本的には同じだと思います(2009年7月12日時点で4.5.3でした)。
HBPLUS
LIGPLOTを使用する際に必要なプログラムです。/usr/local/srcの下にインストールしました。
# cd /usr/local/src # tar zxvf hbplus.tar.gz # cd hbplus # make
でhbplusというファイルが作成されます。
LIGPLOT本体
本体は少しだけめんどくさいです。
# cd /usr/local/src # tar zxvf ligplot.tar.gz # mv source ligplot # cd ligplot # cc -o ligplot ligplot.c -lm /tmp/ccf76XZK.o(.text+0xdcff): In function `lig_search': : warning: the `gets' function is dangerous and should not be used. # cc -o hbadd hbadd.c -lm # cc -o dimer dimer.c
ligplotコンパイル時の警告は無視しても問題ありません。コンパイラのバージョンによっては出ない場合もあると思います。
モノマー分子の定義ファイル
HBPLUS用インプットファイルを作成するプログラムHBADDが使用するHETATM用ファイルが必要なので取得します。テキストファイルかCIFで取得可能です。最近(2011年8月)のmmCIFファイル(Chemical Component Dictionary)では警告(たぶんフォーマットが対応していない)が出るので、Het Group Dictionaryを取得します。
- Het Group Dictionary -- http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt -- 更新日が2008年10月27日で少し古いですが
# cd /usr/local/src/ligplot # wget http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt
スクリプトファイルligplot.scrはmmCIFを使うようになっているのでhet_dictionary.txtを使うように変更します。
- /usr/local/src/ligplot/ligplot.scr
47 # Set the name of the Het Groups Dictionary, available from the PDB as 48 # http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt or, the CIF-format version 49 # (preferred) as 50 # http://pdb.rutgers.edu/public-component-erf.cif (rename as components.cif) 51 # set hetdic = $ligdir'/het_dictionary.txt' 52 set hetdic = $ligdir'/components.cif'
ここで52行目をコメントアウトして51行目を有効にします。51 set hetdic = $ligdir'/het_dictionary.txt' 52 #set hetdic = $ligdir'/components.cif'
環境設定
LIGPLOTを使うための設定を.cshrcに記述します。
- .cshrc
# for LIGPLOT setenv ligdir /usr/local/src/ligplot alias ligplot ${ligdir}/ligplot.scr alias ligonly ${ligdir}/ligonly.scr alias dimplot ${ligdir}/dimplot.scr alias dimonly ${ligdir}/dimonly.scr # for HBPLUS setenv hbdir /usr/local/src/hbplus alias hbplus ${hbdir}/hbplus
以上です。
