LIGPLOTを使ってみよう
設定さえできていれば使い方は簡単です。
ligplot pdb_filename [residue1] [residue2] [chain_id] [-w] [-h]
で使えます。
注意点はここでのligplotとはligplot.scrというスクリプトファイルを指すということです(インストール時にエイリアスを設定)。なお、実行したディレクトリにはログファイル等を含め20個ほどファイルが出力されるので、新たにディレクトリを作ってその中で実行する方がいいでしょう。
使用例
その１
右の図はPDB 2DSYのNHE 1001に対してLIGPLOTしてみたものです。
% ligplot 2dsy.pdb NHE 1001 NHE 1001 C -w -h
オプションの-wは水分子も追加、-hはタイトルを追加(実行時に入力が促されます。ここでは2DSY LIGPLOT TESTというタイトルを入れてみました)したものです。
ここではPNG形式で貼り付けていますが、実際はligplot.psというPostScript形式で出力されます。
この図はディフォルトの状態で出力したものですが、背景色や線の色は後述するように変更することができます。用途や好みに合わせて変更してみて下さい。
その２
例えばChain Bの602-604のグルコース鎖に対しては以下のように使用します。
% ligplot complex.pdb GLC 602 GLC 604 B
注意点としてresidue1、residue2は出現順だということです。私の場合たまたま数字の大きい方がPDBファイルの先に来ていて、ちょっとはまりました ![[huh]](image/face/huh.png)
(通常はないと思いますが・・・)
動作
ligplotの実体であるligplot.scrを見れば動作の流れが分かります。
- HBADD -- HBPLUSのインプットファイルを作成
- HBPLUS -- 水素結合などの情報を作成
- LOGPLOT -- 図を作成
の順で処理されているようです。
図のカスタマイズ
出力される図は背景がクリーム色、などと決まっていますが、これは同じディレクトリに作成されるligplot.prmを編集することで変更可能です。変更後は、
% ligonly complex.pdb GLC 602 GLC 604 B
というようにligonlyスクリプトを使用するとHBADD、HBPLUSが再実行されずにLIGPLOTだけが実行されます。
ligplot.png
