LIGPLOT

LIGPLOTを使ってみよう  

設定さえできていれば使い方は簡単です。

ligplot pdb_filename [residue1] [residue2] [chain_id] [-w] [-h]

で使えます。
注意点はここでのligplotとはligplot.scrというスクリプトファイルを指すということです(インストール時にエイリアスを設定)。なお、実行したディレクトリにはログファイル等を含め20個ほどファイルが出力されるので、新たにディレクトリを作ってその中で実行する方がいいでしょう。

使用例  

ligplot.png

その1  

右の図はPDB 2DSYのNHE 1001に対してLIGPLOTしてみたものです。

% ligplot 2dsy.pdb NHE 1001 NHE 1001 C -w -h

オプションの-wは水分子も追加、-hはタイトルを追加(実行時に入力が促されます。ここでは2DSY LIGPLOT TESTというタイトルを入れてみました)したものです。
ここではPNG形式で貼り付けていますが、実際はligplot.psというPostScript形式で出力されます。

 

この図はディフォルトの状態で出力したものですが、背景色や線の色は後述するように変更することができます。用途や好みに合わせて変更してみて下さい。

その2  

例えばChain Bの602-604のグルコース鎖に対しては以下のように使用します。

% ligplot complex.pdb GLC 602 GLC 604 B

注意点としてresidue1residue2は出現順だということです。私の場合たまたま数字の大きい方がPDBファイルの先に来ていて、ちょっとはまりました [huh](通常はないと思いますが・・・)

 

動作  

ligplotの実体であるligplot.scrを見れば動作の流れが分かります。

  1. HBADD -- HBPLUSのインプットファイルを作成
  2. HBPLUS -- 水素結合などの情報を作成
  3. LOGPLOT -- 図を作成

の順で処理されているようです。

図のカスタマイズ  

出力される図は背景がクリーム色、などと決まっていますが、これは同じディレクトリに作成されるligplot.prmを編集することで変更可能です。変更後は、

% ligonly complex.pdb GLC 602 GLC 604 B

というようにligonlyスクリプトを使用するとHBADD、HBPLUSが再実行されずにLIGPLOTだけが実行されます。

添付ファイル: fileligplot.png 607件 [詳細]