PyMOLプラグインのインストール  

PyMOLはプラグインをインストールすることで機能を拡張することができます。さらに、その気になれば自分で作成することも可能です。

インストール方法  

インストール方法は簡単です。

PyMOL 1.1
メインメニューから[Plugin] -> [Install plugin]を開くとファイル選択ダイアログが表示されるのでインストールしたいプラグイン(スクリプト)を選択します。
PyMOL 1.2
メインメニューから[Plugin] -> [Manage plugins] -> [Install]を開くとファイル選択ダイアログが表示されるのでインストールしたいプラグイン(スクリプト)を選択します。

注意点  

プラグインスクリプトはPythonモジュールディレクトリに格納されます。Vine 5.0の場合は/usr/lib/python2.5/site-packages/pmg_tk/startup/以下です。そのため対象となるディレクトリの書き込み権限を持っていないユーザーではインストールできません。
環境によるのかもしれませんが、私の場合(Vine 5.0, PyMOL 1.1および1.2)、なぜかrootユーザーでインストールしようとするとファイル選択ダイアログからファイルが選択できないという現象が起こりました(ファイルダイアログから選択しようとしても無反応、キャンセルはできる)。不可解な現象で解決方法がわからなかったので一時的に対象ディレクトリに書き込み権限を付加して、一般ユーザーでインストールしたら無事にインストールできました。不思議・・・