CAVER
| 最新版 | 2.1.2 / 2011年5月現在 |
|---|---|
| 対応OS | Linux, Microsoft Windows |
| 種別 | PyMOL Plugin |
| 公式サイト | http://loschmidt.chemi.muni.cz/caver/ |
タンパク質外部から内部キャビティへの経路を自動で計算するためのPyMOLプラグインです。Java Web StartでWeb上で使用することもできるようです。
使い方は簡単で、キャビティ内を座標を指定して実行すればそこまでの経路を計算、表示してくれます。
インストール
Java実行環境のインストール
Java 1.6以上が必要になるので、Java実行環境(JRE)またはJava Development Kit(JDK)をインストールしておきます。Javaによる開発を行わない場合はJREで問題ないと思います。Vine5の場合はaptでインストール可能です。
- aptでインストール
- java-1.6.0-sun
ファイルの展開と配置
インストーラがないので適当にファイルを配置します。この例では/usr/local/pymol-pluginsに格納していますが、どこでも構いません。
% unzip Caver2_1_2_pymol_plugin.zip # mkdir /usr/local/pymol-plugins # cd Caver2_1_2_pymol_plugin/linux_mac # cp -r Caver2_1_2 Caver2_1_2.py /usr/local/pymol-plugins
Caver2_1_2.pyの編集
初期化ファイルの/usr/local/pymol-plugins/Caver2_1_2.pyを編集します。
46行目のPYMOL_LOCATION = "directory/where/jar/with/plugin/is/located"をファイルを格納したパスに変更します。
45 else: #linux: 46 PYMOL_LOCATION = "/usr/local/pymol-plugins/Caver2_1_2"
PyMOLにインストール
PyMOLにCaverプラグインを登録します。PyMOLのスタートアップモジュール(/usr/lib/python2.5より下)への書き込みが必要になるのでrootで実行します。
# pymol
起動したらメニューから[Plugin]->[Manage Plugins]->[Install...]を選択するとファイル選択ダイアログが開くので先ほどの/usr/local/pymol-plugins/Caver2_1_2.pyを選択します。インストールが成功したら成功した旨のメッセージが表示されます。
私の環境(Vine 5.2 + PyMOL 1.4.1)ではなぜかファイルが選択できなかったので、ダイアログ中のファイル名フィールドに直接ファイル名を入力してOpenをクリックしました。何でかな・・・
以上でインストールは完了です。
使ってみた
ちょっとだけ使ってみましたが、使用方法は簡単。
- PyMOLを起動
- リガンドなどをモデリングしてるなら選択
- 選択されているリガンドの中心座標をセット(自動)
- 計算
だけです。
実は、リガンド周辺のSurfaceをキレイに表示できるかな？と思って試してみたのですが、私が求めているのとは少し違ったようです・・・
動作確認はVine Linux 5.0 + PyMOL 1.2r2 + Caver 2.0.003で行いました。
引用文献
- Description of the CAVER 1.0 approach to the tunnel calculation and visualization
- Petřek M., Otyepka M., Banáš P., Košinová P., Koča J. and Damborský J.
CAVER: A New Tool to Explore Routes from Protein Clefts, Pockets and Cavities.
BMC Bioinformatics. 2006, 7: 316 - Damborský J., Petřek M., Banáš P., Otyepka M.
Identification of Tunnels in Proteins, Nucleic Acids, Inorganic Materials and Molecular Ensembles.
Biotechnology Journal 2007, 2: 62-67
- Petřek M., Otyepka M., Banáš P., Košinová P., Koča J. and Damborský J.
- Description of the CAVER Viewer approach to tunnel visualization
- Kozlíková Barbora, Andres Filip, Sochor Jiří
Visualization of Tunnels in Protein Molecules.
Computer Graphics, Virtual Reality, Visualisation and Interaction in Africa AFRIGRAPH '07. October 2007. Grahamstown, South Africa : ACM, 2007. ISBN 978-1-59593-906-7.
- Kozlíková Barbora, Andres Filip, Sochor Jiří
- Description of the CAVER 2.0 approach to tunnel calculation
- Medek Petr, Beneš Petr, Sochor Jiří
Computation of Tunnels in Protein Molecules Using Delaunay Triangulation.
Journal of WSCG. Plzeň : University of West Bohemia, 2007. p. 107-114, 8 pp. ISBN 978-80-86943-00-8. - Medek Petr, Beneš Petr, Sochor Jiří
Multicriteria Tunnel Computation.
Computer Graphics and Imaging, Innsbruck, Austria, 2008. - Beneš Petr, Medek Petr, Sochor Jiří
Computation of more channels in protein molecules.
Proceedings Conference Visual Computing For Biomedicine (VCBM), 2008.
- Medek Petr, Beneš Petr, Sochor Jiří
