各種プログラム使用方法

HKL2000のログ  

データ処理で使用するHKL2000。これは結局のところDENZOとSCALEPACKのインタフェースです。そのためそれぞれのログファイルが存在します。その中で必要な情報を集めてみましょう。

DENZO  

(くにを博士よろしく [heart])

SCALEPACK  

論文でデータ処理の統計値を載せるときにはこのログファイルを確認します。ファイル自体は大きくなってますが、統計情報だけならそんなにありません(たぶん)。
HKL2000のディフォルトのファイル名はscale.logです。

 

さて、ここではIP fittedがずらーっと並んだ後半部分を見ていきます。

Observations used in scaling  

スケーリングに使用された反射数です。

       Summary of reflection intensities and R-factors by batch number
                             All data                Linear
  Batch     # obs # obs > 1   <I/sigma> N. Chi**2    R-fac
      1       330       315         4.1     2.326    0.225
...
    180       307       295         4.6     2.041    0.152
All films  144993    132869         5.0     1.025    0.104

フレームごとの反射数とR値が並んでいる部分の末尾を見ます。ここの#obs > 1の値が求める値になります。この場合、132,869です。

Unique reflections  

ユニークな反射の数です。これは続くSummay of observation redundancies by shellsのテーブルで確認できます。

    Shell            Summary of observation redundancies by shells:
 Lower Upper      No. of reflections with given No. of observations
 limit limit     0     1     2     3     4   5-6   7-8  9-12 13-19   >19  total
100.00  4.96   478   890  1837  2001  1478     0     0     0     0     0   6206
...
  2.38  2.30   777  1487  1988  1591   638     0     0     0     0     0   5704
All hkl       5949 12124 18823 18249 10119     0     0     0     0     0  59315

このテーブルのtotalのカラムの合計値、59,315がそれにあたります。なお、各分解能ごとの値はそれぞれの行に出力されています。

Multiplicity (Redundancy)  

反射のredundancyを読みます。続くAverage Redundancy Per Shellの値を読みます。

    Shell       Average Redundancy Per Shell
 Lower Upper
 limit limit
100.00  4.96             2.7
...
  2.38  2.30             2.2
 All hkl                 2.4

各分解能ごとの値があり、全体の値(2.4)が出力されています。

Completeness  

先ほどのSummary of observation redundancies by shellsテーブルをパーセンテージで表した、Summary of observation redundanciesのテーブルを参照します。ここには各分解能のcompletenessと全体の値が出力されています。手元にあったログがひどいデータなのでひどい有様です [sad]

    Shell             Summary of observation redundancies:
 Lower Upper      % of reflections with given No. of observations
 limit limit     0     1     2     3     4   5-6   7-8  9-12 13-19   >19  total
100.00  4.96   7.2  13.3  27.5  29.9  22.1   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   92.8
...
  2.38  2.30  12.0  22.9  30.7  24.5   9.8   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   88.0
All hkl        9.1  18.6  28.8  28.0  15.5   0.0   0.0   0.0   0.0   0.0   90.9

このデータの場合、Overall completenessは90.9%、highest shell(2.38-2.30Å)では88.0%となっています。

R-merge  

ログファイルのほぼ末尾にあります。処理する際にどこまでの反射を使うかを決める目安にもしていると思います。

Shell Lower Upper Average      Average     Norm. Linear Square
limit    Angstrom       I   error   stat. Chi**2  R-fac  R-fac
    100.00   4.96    96.0     4.5     4.4  1.295  0.054  0.054
...
      2.38   2.30     7.5     4.5     4.5  0.535  0.373  0.425
 All reflections     40.7     4.7     4.6  1.024  0.104  0.082

このテーブルのLinear R-facを見ます。この場合10.4%ですね。

消滅則  

ログの最後に消滅則に合致しているかを確認するためのテーブルがあります。

    Intensities of systematic absences
     h   k   l  Intensity     Sigma   I/Sigma
     0   3   0       0.5       0.7       0.6
     0   5   0      -0.1       1.0      -0.1
     0   9   0       0.8       2.2       0.4
     0  17   0       2.1       4.1       0.5

このテーブルで消滅則を確認します。

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