XIA2を使ってみよう

Contents

XIA2を使ってみよう

自動データ処理インタフェースであるXIA2を使ってみます。CCP4 6.1.0から標準パッケージとして提供されるようになり、GUIが使用できるようになってますます簡単に使えるようになりました。

注意：環境によってはCCP4 6.1.2のXIA2 0.2.7.2は動作しない場合があるようです -- XIA2参照

対応している検出器

XIA2が使うMOSFLMは様々な検出器に対応していますが、XIA2が対応している検出器は限られています。ドキュメントによると、

ADSC CCD detectors
MAR CCD detectors
MAR 345 image plates
RAXIS IV image plates
Rigaku Saturn CCDs (Binned and unbinned)

とのことです。残念ながらSPring-8 BL38B1のJupiter210には対応していないらしく、使用しようとするとPythonがエラーを出し、core dumpします(--;。

CCP4iから使ってみる -- CCP4 6.1

入力項目

それでは早速CCP4iから使ってみます。コマンドベースでも簡単に使用できましたがGUIを使うことによってより簡単に使用できます。

GUIは以下のようになっています。

項目	内容
Project	プロジェクト名(必須)
Crystal	結晶名。MTZファイルのF_結晶名として使われます(必須)
MTZ out	出力MTZファイル
Define Wavelengths	波長セットを指定します。複数波長の場合は複数追加するみたいです
Wavelength name	波長の別名。Define Sweepsで使われます
Define Sweeps	データセットの指定
Wavelength name	Define Wavelengthsで設定した波長名を選択します
Image name	イメージ名。このファイル名を基にデータセットを探索します
Directory	データセットディレクトリ。ファイルを選択するとImage nameも入力されます
Beam centre	ビームセンター。HKL2000のXDISPで見たときのポインタの位置と同じようですつまりden.inのx beam,y beamと同じです
Run processing with XDS	XDSを使って処理します。0.2.7.2では2009年度版XDSは使用できません(0.3.0.0以上が必要)

これらを入力した後[Run]で実行されます。

ログの確認

処理結果のログはCCP4プロジェクトディレクトリ内のxia2_プロセス番号内に出力されます。私はMOSFLM/SCALAをほとんど使ったことがないので内容には触れませんが [sad] 、以下のような構造になっているようです。

- xia2_1
  - DataFiles             -- 出力されたMTZファイルが出力される。SCALEPACK形式(.sca)のunmergedも出力されます
  - Harvest               -- 積分の途中経過など
  - LogFiles              -- MOSFLM/SCALA/TRUNCATEのログ出力先
  - プロジェクト名/結晶名 -- 自動処理時のログ出力先
  - xia-citations.bib     -- 引用文献リスト
  - xia-files.txt         -- コピーされたファイルなど
  - xia2-admin.txt        -- 実行ステップのログ
  - xia2-debug.txt        -- デバッグログ
  - xia2-science.txt      -- ファイルの読み込みログ？
  - xia2-status.txt       -- 現在のステータス
  - xia2.txt              -- 実行ログ
  - xia2_1.xinfo          -- インプットファイル

コマンドラインベースで使う

使ってみた

サイト中に簡単な使い方があるので使ってみました。与えるパラメータが少ないのですぐインプットファイルを書くことができました。
使ってみたインプットファイル(.xinfoファイル)を参考までに載せておきます。この例ではインデントしてますが、インデントなしでも問題ないようです。

test.xinfo

BEGIN PROJECT NOBXIA
  BEGIN CRYSTAL OSHI
    BEGIN AA_SEQUENCE
      (アミノ酸シークエンス)
    END AA_SEQUENCE

    BEGIN WAVELENGTH NATIVE
      WAVELENGTH 1.54178
    END WAVELENGTH NATIVE

    BEGIN SWEEP NATIVE
      WAVELENGTH NATIVE
      IMAGE 8_2_60001.osc
      DIRECTORY /home/nobrin/xtal/xia/Images/
      START_END 60001 60240
    END SWEEP
  END CRYSTAL OSHI
END PROJECT NOBXIA

用意するファイルはこれだけです。今回は分子置換だったのでネイティブのみですが、多波長や結晶のマージも自動で行ってくれるようで、サイトの例を参考にしてみてください。設定ファイルができたら、

xia2 -xinfo test.xinfo

これだけです。
実行すると実行したディレクトリに結晶名のディレクトリが作成され、その下にログファイルなどが出力されるようです。全ての処理が終了するとscaleディレクトリの下にmtzファイルが作成されます。また、xia2autoコマンドを使えばインプットファイルも自動で出力してくれます(0.3からはxia2autoはないようです)。

使ってみた注意点

START_ENDパラメータがあったほうがよいかも
- はじめSTART_ENDパラメータなしで処理してみましたが、MOSFLMのインプットファイルのprocessパラメータ(処理するファイルの番号をセットする)に変な値(負の値・・・)が入りましたので値を指定しておいた方が確実かもしれません。
DIRECTORYパラメータは絶対パスで指定すること

そんなところでしょうか。

添付ファイル:

xia2gui.png 1255件 [詳細]

XIA2を使ってみよう