PyMOL 0.97頃でのインストール
過去のPyMOLへのAPBSのインストール記録です。多分0.97で適用できますが、electrostatics.pyが手に入らないかも。
表面電荷を描こう！！
PyMOLでは表面電荷の絵を描くことができます。Graspとは結果が多少違うとかなんとかいろいろあるみたいですが、とりあえず簡単なので私は重宝してます。
ここでは表面電荷を描くためのプラグインのインストール方法を解説します*1。
とりあえず必要なものは、
- PyMOL 0.97ぐらい -- インストールされていることを前提とします
- MALOC 0.1-2 -- http://scicomp.ucsd.edu/~mholst/codes/maloc/
- APBS 0.3.2 -- http://sourceforge.net/projects/apbs
- electrostatics.py -- http://www-personal.umich.edu/~mlerner/Pymol/
をインストールします。
MALOCはAPBSを使うのに必要です。また、インプットファイルの形式が異なる(？)ためかAPBS 0.4.0では静電ポテンシャルの計算時にエラーで止まりました。マニュアルをよく読んでないのでエラー対応ができません・・・
MALOC
MALOC (Minimal Abstraction Layer for Object-oriented C) is a small, portable, abstract C environment library for object-oriented C programming. -- MALOCホームページ
ってなわけでMALOCをインストールします。今回はi686用のRPMを使ってさくっとインストールしました。
APBS
APBS is a software package for the numerical solution of the Poisson-Boltzmann equation, a popular continuum model for describing electrostatic interactions between molecular solutes over a wide range of length scales. -- SourceForge.net
ということらしいです。
electrostatics.py
$PYMOL_PATH/modules/pymol/wizard/
にコピーします。
PyMOLの設定
$PYMOL_PATH/modules/pmg_tk/にあるPMGApp.pyの末尾に、
self.menuBar.addmenuitem('Wizard', 'command', 'Electrostatics',
label='Electrostatics',
command = lambda: cmd.do("_ wizard electrostatics"))
を追加します。
以上で設定は終わりです。
使い方
まず計算
- PyMOLを起動して通常通り分子を読み込みます
- Plugin > APBS toolsを開くとAPBSのダイアログが開きます
- APBS Locationタブを開いて、APBS binary locationを指定します
- ダイアログ下部に並んでいるコマンドボタンのSet gridをクリック
- Run APBSをクリックで計算します(結構時間がかかります)
- 30秒ぐらい(Pentium4 3.0GHz)で終わったら失敗してます。設定を見直しましょう。
分子表面の表示
- Wizard > Electrostaticsでメイン画面右側にいろいろ出る
- 何かをいじると表面が表示される
Electrostaticsで計算領域がずれる
ChainIDのあるPDBで計算すると、ちゃんとした結果が得られないことがあるようです。
その時はChainIDとかAlternate Conformationを消して計算すれば問題ないみたいです。
![[smile]](image/face/smile.png)
