のぶ原稿

Last modified: 2008-11-18 (火) 21:51:20 (5630d)

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プログラム使用方法の原稿  

思い付いたときに少しずつまとめて、正式ページに移動するのだ。
内容は中途半端なので注意！

REFMAC  

MTZファイルのカラム  

REFMACが出力するMTZのカラムの意味は以下の通り。(REFMACのサイトより)

FC PHIC

FC PHIC are the structure factor contributions from the input atoms only, without any FPARTi terms added.

FWT PHWT

FWT and PHWT are amplitude and phase for weighted "2Fo-Fc" map (2mFo-DFcalc).

DELFWT PHDELWT

DELFWT and PHDELWT are amplitude and phase for weighted 'difference' map (mFo-DFCalc).

FOM

FOM = <m> - The "figure of merit" for this reflection.

TLS refinementをする  

TLS

Translation, Libration and Screw-rotation

REFMACである程度精密化、CNSでrefine.inp -> REFMACでTLS & restrained refinementという手順をするとガツーンと下がることがあります。CNSでは束縛がきついので一度構造をかっちりしてからREFMACで最適化するっていうイメージです。REFMACのweightも大きくない方がいいのかも(weighting term < 0.1ぐらい？；わたしは大体0.03 - 0.05 @2.4Åにしました)。

精密化Tips  

Disallowed regeionに残基がある  

根気よく修正するしかないのですが、Cootを使っている場合、Real space refineとかRegularizeではなかなか直りません。
Validate->Ramachandran Plotを開きつつ、Flip peptideとRotate/Translate zoneでなんとかdisallowedではない場所に持っていきます。少々2Fo-Fcからずれていてもあまり気にしなくてもいいかもしれません。
もし、まわりにマイナスの電子密度などがあればFlipしてみると避けられるかも。とりあえずdisallowedエリアを脱出したらCNSなどでリファインすると直せると思います。また新たにdisallowedが発生したらCNSをかける前の構造を使ってその場所を修正していきます。それを繰り返すとやがて終わりが見えてくるでしょう・・・

Linux!!  

シンボリックリンクの扱い  

シンボリックリンクでシンボリックリンクと同じ構造でディレクトリを認識したい場合は、 tcshの場合なら、

% set symlinks=expand

bashなら、

% set -P

とする。

RAIDドライブの作成  

1. fdiskで0xfdにしておく(RAID auto detect)
2. md0デバイスの作成(/dev/sdb1,/deb/sdc1で/dev/md0を作成する)

   # mdadm -C /dev/md0 -l1 -n2 -f /dev/sd[bc]1

3. 当分待つ(1TBで3時間かかった)

コンパイルなど  

CLIPPER libraryをビルドする  

CCP4パッケージではないCLIPPERをビルドする。

1. あらかじめCCP4のライブラリ群をビルドしておく(例えばccp4-gcc/ccp4-6.1.0以下)
2. CLIPPERビルド時の環境変数(Intel FFTW wrapperを使うとき)
   • FFTW_LIBS=-L/opt/intel/Compiler/11.0/074/lib/ia32 -L/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/lib/32 -lfftw2xc_gnu -lmkl -liomp5 -lguide -lpthread
   • FFTW_CXXFLAGS=-I/opt/intel/Compiler/11.0/074/mkl/include/fftw
   • LDFLAGS=-L/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0/lib
   • CPPFLAGS=-I/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0/include
3. configureを実行

   (2.0) ./configure --enable-mmdb --enable-cif --enable-ccp4 --with-mmdb=/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0 --with-cif=/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0 --with-ccp4=/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0
   (2.1) ./configure --enable-mmdb --enable-cif --enable-ccp4 --enable-cns --enable-minimol --with-mmdb=/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0 --with-cif=/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0 --with-ccp4=/home/nobrin/xray/ccp4-gcc/ccp4-6.1.0

これでビルドできるはず。
しかしIntel FFTW wrapperでは互換性に問題がありmake checkで失敗する(ビルドエラーになる)。この例ではCLIPPER以外のライブラリはCCP4 6.1に付属のものを使用しているが、この時ccp4-6.1.0/lib/clipperを削除しておかないとヘッダファイルの位置が混乱し、ビルドに失敗する。なお、ver.2.0ではmmdb、cif、ccp4、ver.2.1ではmmdb、cif、ccp4、cns、minimolを有効にしないとビルドを失敗する(configureのオプションの意味がない気がする・・・)。