SORTWATER -- CCP4 supported program
水分子のChain IDを近接する分子毎に振り分けるためのプログラムです。
解説
PDBのAnnotation policy 2.5 (2011年11月)によると水分子などは近接するChain IDに割り当てられるとなっています。 水分子以外のリガンドなどはさほど難しくないと思いますが、水分子の場合は数が多くなるため割り当てが大変です。 その場合に使うとよさそうなプログラムです。
使い方
CCP4iのGUI(CCP4 6.2.0時点)は対応してないようなのでコマンドラインで行います。
例えば以下のようなスクリプトを作成し実行するといいでしょう(オリジナルドキュメントの例を改変)。
- sortwater.sh
#!/bin/sh # Simple Example for SORTWATER # ASSIGN WATERS TO PROTEIN CHAINS sortwater XYZIN original.pdb XYZOUT original_sorted.pdb <<EOS CHAINS A B C D WCHAINS A B C D SYMMETRY P21 EOS
この場合だと、タンパク分子A, B, C, Dに近接する水分子がそれぞれA, B, C, DのChain IDを
割り当てられます。
CHAINSとWCHAINSのChain IDの数は一致させるようにします。
例えばWCHAINSをE F G HとするとAに近接する水分子はE, BはFというようになるはずです。
パラメータ
| パラメータ名 | 意味 |
| CHAINS タンパク分子のChain ID | タンパク分子のChain ID(スペース区切り) |
|---|---|
| WCHAINS 割り当てるChain ID | 割り当てに対応するChain ID |
| SYMMETRY 空間群名 or 空間群番号 | 空間群名または番号 |
| WATER 水分子名(通常HOH) [水原子名(通常O)] | 水分子の残基名および原子名 |
| CARBON Yes or No | Yes:非炭素原子のみを近接チェックの対象とする No:全ての原子を対象とする |
| DISTANCE [maximum_similarity_distance] [maximum_distance_from_protein] | Maximum distance between putative NCS-related waters to accept [default 2.0] maximum distance from non-water atom to accept as belonging to chain [default 6.0]. |
| NCS | NCS操作の定義。Chainを発生させる時用？ |
| VERBOSE | 冗長出力モード |
注意
これがPDB Depositionの際に割り振られるChain IDとどのぐらい互換があるかはよく分かりませんので、水分子を論文中などで議論する場合は 登録時にちゃんと確認した方がよさそうです。
参考サイト
- SORTWATER - http://www.ccp4.ac.uk/html/sortwater.html
- PDB講習会 in 京都(2008-11-27) - http://www.pdbj.org/workshop/20081127/20-3-2.pdf
