MAKECIF -- CCP4 supported program
PDBファイルを元にしてCIFファイルを作成します。
ここで作成したCIFファイルはリストレイン情報、結合情報も含むのでREFMACなどで使用することができるようです。
使い方
インタラクティブに動作するプログラムのようです。
--- MAKECIF --- /Vers 5.5.1 ; 12.07.2006/ Do you want to have FILE-DOCUMENT /makecif.doc/ ? /<N>/Y/A : N - means without DOC-file Y - with new contents A - means to keep old contents and add new information with DOC-file program creates batch file: makecif.bat _DOC: <-- (Enter) # input-coord-file FILE_C:TRE.pdb <-- PDBファイルを指定 ..(省略)..
出力ファイル
オプションを変更しなければ、5つのファイルが出力されました。
- new.lib -- 原子座標、リストレイン、構造情報を含んだCIFファイル
- new.crd -- 原子座標
- new.rst -- リストレイン
- new.str -- 結合情報
- new_TRE.ps -- 詳細情報
ライブラリとして利用するCIFファイルはnew.libになります。
読み込ませたPDBファイル中の化合物名(ここではTRE)がCCP4のモノマーライブラリに存在しているとき、new.libおよびnew_TRE.psは作成されないようです。
単純なバッチファイル
コマンドラインでファイル名を指定したい場合、以下のようなスクリプトがいいかもしれません。
#!/bin/sh if [ ! "$1" ]; then echo "Usage: makecif.com PDB-file"; exit 1; fi if [ ! -f $1 ]; then echo "Please specify PDB-file"; exit 2; fi makecif <<EOS $1 EOS
これにmakecif.shとでも名前を付けて実行属性を付ければ、
% makecif.sh TRE.pdb
で実行可能です。
