Linuxをインストールする  

構造解析環境はどうする？  

2011-09-02 by どぶお

2011-12-08 修正 by どぶお

おそらく、最も適しているのはLinux系OSだと思われます。私は全く使わないので分かりませんがMacOS Xも十分便利に使えるようです。さらに、一部のプログラムになりますが、Windowsにも対応しているのが増えてきていますので、Windows環境でもある程度対応できるようです。

このサイトではLinux環境がベースですが、Windowsによる環境もできる限り取り上げようと思います。CCP4やPyMOL程度しか使わないのであればWindows環境でも何とかなるでしょう。

ここではLinux  

まずは構造解析環境を構築するためのLinuxをPCにインストールします。最近のLinuxディストリビューションはインストールも簡単になり、CDで起動すればあとは画面に従っていけばインストールされる、というものがほとんどだと思います。Linuxディストリビューションには様々なものがあり、どれを使うかは個人の好みなどもあり少々悩むところです。
どのディストリビューションにもそれなりのウリがあり、どれがいいとは一概には言えないのですが、どぶ的にはVine Linux(http://vinelinux.org/)が使い慣れていてお気に入りなので*1、Vine Linuxで構造解析PCを構築しています。現在、Vine Linux 5.2で構築した環境で構造解析を行っていますが、それほど困ることもなく使えています。余談ですが、SPring-8構造生物学ビームラインであるBL38B1およびBL41XU備え付けのユーザー用PCはほとんどがVine Linuxを採用しており(今後Ubuntuなどに移行するかもという話ですが)、Photon FactoryではCentOSを採用しているようです。また世界的にはRedHat Enterprise Linux(RHEL)互換ディストリビューションであるCentOSが、ヨーロッパ地域ではSuSE Linuxが人気があるようです。もちろんLinuxディストリビューションの雄、Fedoraも選択肢に入りますが、容量が大きい上にメジャーバージョンアップ間隔が短い(約半年)のであまりおすすめはしません。また、ユーザーフレンドリーと言われるUbuntuもよく使われているようです。

必要なスキル  

最低限の操作(OSのインストール、エディタの使い方、ソースからのコンパイルなど)はできるという前提なのでわからない場合は適当に調べて下さい [smile]。また、あまりにも一般的でない用語は解説するようにしていますが、それ以外の用語はネット上で調べて下さい。
特に断りがない限り、コマンドラインの入力は%は一般ユーザー、#はrootで行うことを示します

ここでは、Vineは5.2をメインに扱います。適宜修正していますが、一部、Vine 3.2/4.2をベースにした記述が残っている文書がありますので注意してください。Vine以外を使っている人も多いので割と一般的だと思われるCentOSも扱い始めました。FedoraもCentOSに近い設定で対応できると思います。
VineはDebianで発展してきたaptによるパッケージ管理を、CentOSはyumによるパッケージ管理を行っていますが、どちらもrpmパッケージなので共通点は多いと思います。

*1 インストールされるパッケージが比較的少ないのと、メジャーバージョンアップ間隔が長いので煩わしくないです