DSSP
2010-03-02 : 記事作成
| 最新版 | CMBI ver. / 2006年4月4日 |
|---|---|
| 対応OS | Linux, MacOS, Microsoft Windows |
| 種別 | Secondary Structure Definition |
| 公式サイト | http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ |
おそらく一般的に広く使用されている二次構造アサイン用プログラム。
The DSSP program was designed by Wolfgang Kabsch and Chris Sander to standardize secondary structure assignment. DSSP is a database of secondary structure assignments (and much more) for all protein entries in the Protein Data Bank (PDB). DSSP is also the program that calculates DSSP entries from PDB entries.
インストール 
Linux環境で使用する場合は、Linux executableをダウンロードします。ダウンロードしたファイルはそのままプログラム本体なので、パスの通ったディレクトリに配置し、実行属性をセットすれば使用可能です。
# cp dsspcmbi /usr/local/bin # chmod +x /usr/local/bin/dsspcmbi
使用方法
コマンドライン
dsspcmbi [オプション] PDBファイル 出力ファイル
| オプション | ||
| -na | Disables the calculation of accessible surface | |
|---|---|---|
| -c | Classic (pre-July 1995) format | 旧フォーマット。カラム間隔が狭い |
| -w | Wide 2002 format (not the current standard) | ワイドフォーマット。カラム間隔が広い |
| -v | Verbose | メッセージが増える |
| -- | Read from standard input | 標準入力から読み取る |
| -h,-? | Prints a help message | |
| -V | Prints version, as in first line of the output | |
| -ssa | Adds information about disulfide bonds to output file | |
| -x | Renames residues with incomplete sidechains to 'X' | |
| -alt2 | Keeps an additional AltLoc indicator at the line ends | |
通常は以下のように使います。
% dsspcmbi test.pdb test.dssp
これでtest.dsspに結果が出力されます。
結果の確認
いろいろ細かいパラメータも出力されていますが、二次構造を見るだけなら17カラム目を見ます。文字と二次構造の関係は以下の通り。
| H | alpha helix |
|---|---|
| B | residue in isolated beta-bridge |
| E | extended strand, participates in beta ladder |
| G | 3-helix (3/10 helix) |
| I | 5 helix (pi helix) |
| T | hydrogen bonded turn |
| S | bend |
レコード前半部の詳細
DSSPサイトより
....;....1....;....2....;....3....;....4....;....5....;....6....;....7.. .-- sequential resnumber, including chain breaks as extra residues | .-- original PDB resname, not nec. sequential, may contain letters | | .-- amino acid sequence in one letter code | | | .-- secondary structure summary based on columns 19-38 | | | | xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx recommend columns for secstruc details | | | | .-- 3-turns/helix | | | | |.-- 4-turns/helix | | | | ||.-- 5-turns/helix | | | | |||.-- geometrical bend | | | | ||||.-- chirality | | | | |||||.-- beta bridge label | | | | ||||||.-- beta bridge label | | | | ||||||| .-- beta bridge partner resnum | | | | ||||||| | .-- beta bridge partner resnum | | | | ||||||| | |.-- beta sheet label | | | | ||||||| | || .-- solvent accessibility | | | | ||||||| | || | # RESIDUE AA STRUCTURE BP1 BP2 ACC | | | | ||||||| | || | 35 47 I E + 0 0 2 36 48 R E > S- K 0 39C 97 37 49 Q T 3 S+ 0 0 86 (example from 1EST) 38 50 N T 3 S+ 0 0 34 39 51 W E < -KL 36 98C 6完全な解説はDSSPのExplanation( http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/DSSP_3.html )を参照して下さい。
引用文献
Kabsch W, Sander C.
Dictionary of protein secondary structure: pattern recognition of hydrogen-bonded and geometrical features.
Biopolymers. 1983 Dec;22(12):2577-637.
外部リンク
- 公式サイト -- http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/
- DSSP Explanation -- http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/DSSP_3.html
