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分子置換の進め方  

2011-12-01 Start!

みんなのテクニック（みんテク）、記念すべき第一回目は、どぶお自身が詰まっていることもあり、分子置換の進め方、です。
すんなり行く時は、すんなり行ってしまう分子置換(MR)。しかし、ひとたび泥沼にはまると、こんな状況なら解が出ない方があきらめられたのに・・・というほどR値が落ちない。どーしてもあと1分子決まらない、など、置換の数だけ苦労があると言っても過言ではないでしょう。
そんな状況を打開するみなさんのワザをお待ちしております。

分子置換の手順  

2011-12-01 by どぶお

私が分子置換を行う手順はだいたい以下の通りです。下に行くほど深刻です。

私の場合、大体この辺で手詰まりかなぁと思います。

マップ拡張？  

2011-12-13 by どぶお

メモ  

MOLREP, PHASER
分子置換をするならおなじみのプログラム。世間的にはPHASERが優勢な気がしますが、どぶお的に決まった構造はいつもMOLREPでした。設定項目が少ないのでスキです。
BALBES
配列情報と構造因子があればモデルをサーチして自動で分子置換してくれます。バージョンは1.0.0以降がオススメ。
MrBUMP
MOLREPとPHASERを駆使していろいろやってくれる自動分子置換プログラム。残念ながら私はこれで決まったことがありません・・・
処理プログラム
私は普段MOSFLMを使わないので、その際は大体XIA2を使います。また、XDSの場合はXDSmeというシンプルなプログラムが存在して便利。
ARP/wARP, BUCCANEER
自動モデルビルドプログラム。とりあえず分子置換で決まった解を使って再構築してくれますが、大体は決まった以上のモデルにはならない気がします。

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