解析プログラムのトラブル
プログラムを使用していたらなぜかうまく動かない、変なエラーが出る、そんなレシピを集めてみました。
CCP4のプログラム
MAPMASKでプログラムが落ちてしまった
ccpmapin - Map section > maxsec : change maxsec and recompile...
と表示された。 無理にマップのグリッド分解能を上げたためにおきたのですが、再コンパイルで何とかなるなら何とかしてみよう。 と言う目的で始めて自分の環境では成功したが、やり方を忘れてしまった;-(というわけで以下、一般的な再コンパイルについて。
くにをの知っている方法 -MTZDUMPの場合-
- ソースコードからちゃんと自分のシステム(PC)上でCCP4をビルド(コンパイル)した人限定
MAPMASKのこと
$su #cd $CCP4/src/mapmask_/ マップマスクは大きいのでディレクトリがある！（通常はfoo.fのみ） #cp mapmask.fh mapmask.fh_orig #vi mapmask.fh
として件のMAXSEC parameterを書き換える（10倍くらいにしたかな・・・）。
#cd ../ (あるいは cd $CCP4/src/) #make mapmask
とやれば完成（するはず）。
NCSMASKが使えない
NCSMASKを実行したときにunable to open phase fileというエラーメッセージが出て、実行できない。
これは、XtalViewのNCSMASKが使用されているためで、XtalViewよりもCCP4が優先されるようにすれば解決します。
私はとりあえずXtalViewのセットアップを.cshrcから外しました・・・
NCONTでNO SOURCE ATOMS SELECTED
2010-11-26 : 追加
- 問題
- NCONTで原子の指定が正しいはずなのにNO SOURCE ATOMS SELECTEDエラーが出る
The program run with command: ncont XYZIN "foo.pdb" has failed with error message NCONT: NO SOURCE ATOMS SELECTED
というエラー。 - 解法
- PDBSETを使って正しいフォーマットにします。
% pdbset xyzin refine.pdb xyzout refine_ccp4.pdb <<EOF EOF
ELEMENTカラムを追加されたフォーマットへ変換してくれます。これでエラーが解消されるはずです。
その他のプログラム
CNSのエラー
CNSでよくわからないエラーが出た
CNS Error Tipsを参考にしてください。
SHELXLのエラー
異方性温度因子導入後のREFINEMENT UNSTABLE
2011-05-30：追加
- 問題
- 異方性温度因子を導入後、REFINEMENT UNSTABLEエラーが出て停止した。
- 解法
- 側鎖を大幅に修正(向きを変えるなど)したときに出るようで、その修正した残基の温度因子をリセット(または削除)することで解消されるようです。
- 参照
ARRAY B TOO SMALL FOR THIS PROBLEM
2011-05-30：追加
- 問題
- 精密化の最後にフルマトリクス精密化を行ったら、ARRAY B TOO SMALL FOR THIS PROBLEMエラーで停止した。
- 解法
- このときは、配列の大きさが不足していますのでプログラム中のパラメータを修正して再コンパイルする必要があります。
- 参照
Jmolの分子が表示されない
環境
| OS | Microsoft Windows XP SP3 |
|---|---|
| ブラウザ | Mozilla Firefox 3.0 |
| Java | 1.6.0 update 6 |
現象
PDBに登録されている化合物を確認できるwwPDBのChemical Component Dictionary(http://remediation.wwpdb.org/downloads.html)でJmolの分子が表示されないことがあります。Internet Explorer 6およびFirefox2では再現しませんでした。
Javaコンソールには以下のメッセージが表示されます。
FileManager.openFile(/data/A/ALA/ALA_ideal.pdb) error opening http://remediation.wwpdb.org/data/A/ALA/ALA_ideal.pdb java.security.AccessControlException: access denied (java.net.SocketPermission 128.6.225.12:80 connect,resolve) openFile(/data/A/ALA/ALA_ideal.pdb) 0 ms InterruptedException!
AccessContorlExceptionがスローされていて原因としてjava.net.SocketPermissionであると示されています。
解決方法
Firefox3でセキュリティポリシーがきつくなったのが原因な気がします。
C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\lib\security\java.policyを修正することで解決しました。
grant {
...
permission java.net.SocketPermission "128.6.225.12", "connect"; <-- 追加
};
のようにgrantの中の最終行にSocketPermissionの行を追加した後、Firefoxを再起動したら利用できるようになりました。
