* PyMOL 0.97頃でのインストール [#n0db1e15]
過去のPyMOLへのAPBSのインストール記録です。多分0.97で適用できますが、''electrostatics.py''が手に入らないかも。
** 表面電荷を描こう！！ [#xf4ad593]
PyMOLでは表面電荷の絵を描くことができます。Graspとは結果が多少違うとかなんとかいろいろあるみたいですが、とりあえず簡単なので私は重宝してます。~
ここでは表面電荷を描くためのプラグインのインストール方法を解説します((Y市立大のH助手に教えてもらった⌣))。~
とりあえず必要なものは、
- PyMOL 0.97ぐらい -- インストールされていることを前提とします
- MALOC 0.1-2 -- http://scicomp.ucsd.edu/~mholst/codes/maloc/
- APBS 0.3.2 -- http://sourceforge.net/projects/apbs
- electrostatics.py -- http://www-personal.umich.edu/~mlerner/Pymol/
をインストールします。~
MALOCはAPBSを使うのに必要です。また、インプットファイルの形式が異なる(？)ためかAPBS 0.4.0では静電ポテンシャルの計算時にエラーで止まりました。マニュアルをよく読んでないのでエラー対応ができません・・・
*** MALOC [#n7b20c62]
>MALOC (Minimal Abstraction Layer for Object-oriented C) is a small, portable, abstract C environment library for object-oriented C programming. -- '''MALOCホームページ'''
ってなわけでMALOCをインストールします。今回はi686用のRPMを使ってさくっとインストールしました。
*** APBS [#qba6fd9d]
>APBS is a software package for the numerical solution of the Poisson-Boltzmann equation, a popular continuum model for describing electrostatic interactions between molecular solutes over a wide range of length scales. -- '''SourceForge.net'''
ということらしいです。
*** electrostatics.py [#s4c0e636]
$PYMOL_PATH/modules/pymol/wizard/
にコピーします。
*** PyMOLの設定 [#nf825945]
$PYMOL_PATH/modules/pmg_tk/にあるPMGApp.pyの末尾に、
self.menuBar.addmenuitem('Wizard', 'command', 'Electrostatics',
label='Electrostatics',
command = lambda: cmd.do("_ wizard electrostatics"))
を追加します。
#br
以上で設定は終わりです。
** 使い方 [#zf3f2cd9]
*** まず計算 [#qe31d239]
+ PyMOLを起動して通常通り分子を読み込みます
+ Plugin > APBS toolsを開くとAPBSのダイアログが開きます
+ APBS Locationタブを開いて、APBS binary locationを指定します
+ ダイアログ下部に並んでいるコマンドボタンのSet gridをクリック
+ Run APBSをクリックで計算します(結構時間がかかります)
-- 30秒ぐらい(Pentium4 3.0GHz)で終わったら失敗してます。設定を見直しましょう。
*** 分子表面の表示 [#z9b303b2]
+ Wizard > Electrostaticsでメイン画面右側にいろいろ出る
+ 何かをいじると表面が表示される
** Electrostaticsで計算領域がずれる [#kdbc9bd2]
ChainIDのあるPDBで計算すると、ちゃんとした結果が得られないことがあるようです。~
その時はChainIDとかAlternate Conformationを消して計算すれば問題ないみたいです。
