* 旧スクリプト [#hca173fa]
一応保存
一応保存。これらを元にしてsolve_mad.csh、solve_sad.cshを作成しました。
:MAD基本(cshスクリプト）|
#!/bin/csh
set wave1='0.97911' # 波長１
set wave2='0.97940' # 波長２
set wave3='0.99512' # 波長３
set sca1="peak.sca" # 波長1 の.scaファイル
set sca2="edge.sca" # 波長2 の.scaファイル
set sca3="lrem.sca" # 波長3 の.scaファイル
#CHOOCH (XAFSスペクトルをCHOOCHで解析して出したF'/F'')
# fp=f', fpp=f"
#
set fp1='-7.6' # 波長１の時のF'/F''
set fpp1='3.8'
set fp2='-9.8' # 波長２の・・・
set fpp2='3.8'
set fp3='-3.7' # 波長３の・・・
set fpp3='0.5'
set NRES='57' # 残基数
set NANOM='1' # 重原子/タンパク質１分子
setenv CCP4_OPEN UNKNOWN # おまじない
setenv SYMOP /usr/local/lib/solve/symop.lib # おまじない
setenv SOLVETMPDIR /var/tmp # おまじない
# SOLVE開始
solve <<EOD |tee solve.log
title 3-wavelength MAD dataset
! setups
SYMFILE /usr/local/lib/solve/p6522.sym ! symmetry file for this space group
setenv SYMINFO /usr/local/lib/solve/p6522.sym ! symmetry file for this space group
SYMINFO /usr/local/lib/solve/p6522.sym ! symmetry file for this space group
! (most common space groups should be in
! this directory)
CELL 37.175 37.175 142.179 90.000 90.000 120.000 #格子定数指定
resolution 20 3.0 # 使用分解能指定
logfile mad.logfile
checksolve
mad_atom Se
refscattfactors # 原子散乱因子の精密化(f'/f''のこと）をするよってこと。結果がだめならfix。
READDENZO # DENZO（HKL2000の.sca）ファイルを読むよ
UNMERGED # Mergeしてないよ（HKL2000 Scalepack stageで ''no merge original index''の場合）
!PREMERGED # Mergeしたよ Default HKL2000 Scalepack
READ_INTENSITIES # 強度だよ。Fじゃないよ。
lambda 1 # 波長１の設定
label Wavelength # 1
wavelength $wave1
fprimv_mad $fp1
fprprv_mad $fpp1
rawmadfile $sca1
lambda 2 # 波長２の設定
wavelength $wave2
fprimv_mad $fp2
fprprv_mad $fpp2
rawmadfile $sca2
lambda 3 # 波長３の設定
wavelength $wave3
fprimv_mad $fp3
fprprv_mad $fpp3
rawmadfile $sca3
nres $NRES
nanomalous $NANOM
SCALE_MAD
ANALYZE_MAD
SOLVE
EOD
setenv CCP4_OPEN UNKNOWN # おまじない
setenv SOLVETMPDIR /var/tmp # おまじない
setenv SYMOP /usr/local/lib/solve/symop.lib # おまじない
# RESOLVE開始！！
resolve<<EOD|tee resolve.log
solvent_content 0.35 ! 溶媒含有量をここへ記入。
resolution 50 3.0 ! DM/モデル組み立てに使う分解能指定
EOD
SAD基本
:SAD基本|
#!/bin/csh
setenv CCP4_OPEN UNKNOWN # おまじない
setenv SYMOP /usr/local/lib/solve/symop.lib # おまじない
setenv SOLVETMPDIR /var/tmp # おまじない
solve <<EOD |tee solve.log
res_phase 15 3.0 # 位相を決定するのに利用する分解能範囲
resolution 15 2.1 # データの分解能範囲（最終的なsolve.mtz(OUTPUT)はこちらの分解能範囲で書き出される）
SYMFILE /usr/local/lib/solve/c2.sym ! symmetry file for this space group
CELL 45.981 48.974 45.876 90.000 118.153 90.000
logfile mad.logfile ! write out most information to this file.
! summary info will be written to "solve.prt"
checksolve ! 重原子位置を入力する場合に入力値とSOLVEの解を比較するかどうか。
mad_atom Se ! 重原子種
refscattfactors ! SADの場合はしないほうが良い。しない場合は fixscattfactors
READDENZO [ SCALEPACKのデータを読むよってこと。]
[ おすすめは "no merge original index"フォーマットのデータ]
[ "readformatted"はXDS処理のファイルを読むときに使うよ。]
PREMERGED [PREMERGED= SCALEPACKデフォルトの時有効にする]
[UNMERGED= SCALEPACK 'no merge original index'で出力した時に使う]
READ_INTENSITIES [強度であることを指定。これ以外は多分つかわないだろ。]
lambda 1 ! 波長の情報
label Wavelength # 1 ! ラベルをつけとこう。
wavelength 0.9791 ! 波長
fprprv_mad 3.8414 ! その波長の時のf"
rawmadfile ../fin26_scala_ano.sca ! 生データ（.scaファイル）の名前
nres 94 [非対称単位中の残基数]
nanomalous 2 [非対称単位中の重原子の数（大体）]
sad
solve
EOD
resolve<<EOD|tee resolve_buildonly.log
solvent_content 0.35 ! your solvent content goes here.
resolution 25 2.1 ! resolution limit.
thorough_build
EOD
