旧スクリプト
一応保存。これらを元にしてsolve_mad.csh、solve_sad.cshを作成しました。
- MAD基本(cshスクリプト）
#!/bin/csh set wave1='0.97911' # 波長１ set wave2='0.97940' # 波長２ set wave3='0.99512' # 波長３ set sca1="peak.sca" # 波長1 の.scaファイル set sca2="edge.sca" # 波長2 の.scaファイル set sca3="lrem.sca" # 波長3 の.scaファイル #CHOOCH (XAFSスペクトルをCHOOCHで解析して出したF'/F'') # fp=f', fpp=f" # set fp1='-7.6' # 波長１の時のF'/F'' set fpp1='3.8' set fp2='-9.8' # 波長２の・・・ set fpp2='3.8' set fp3='-3.7' # 波長３の・・・ set fpp3='0.5' set NRES='57' # 残基数 set NANOM='1' # 重原子/タンパク質１分子 setenv CCP4_OPEN UNKNOWN # おまじない setenv SYMOP /usr/local/lib/solve/symop.lib # おまじない setenv SOLVETMPDIR /var/tmp # おまじない # SOLVE開始 solve <<EOD |tee solve.log title 3-wavelength MAD dataset ! setups SYMFILE /usr/local/lib/solve/p6522.sym ! symmetry file for this space group setenv SYMINFO /usr/local/lib/solve/p6522.sym ! symmetry file for this space group SYMINFO /usr/local/lib/solve/p6522.sym ! symmetry file for this space group ! (most common space groups should be in ! this directory) CELL 37.175 37.175 142.179 90.000 90.000 120.000 #格子定数指定 resolution 20 3.0 # 使用分解能指定 logfile mad.logfile checksolve mad_atom Se refscattfactors # 原子散乱因子の精密化(f'/f''のこと）をするよってこと。結果がだめならfix。 READDENZO # DENZO（HKL2000の.sca）ファイルを読むよ UNMERGED # Mergeしてないよ（HKL2000 Scalepack stageで no merge original indexの場合） !PREMERGED # Mergeしたよ Default HKL2000 Scalepack READ_INTENSITIES # 強度だよ。Fじゃないよ。 lambda 1 # 波長１の設定 label Wavelength # 1 wavelength $wave1 fprimv_mad $fp1 fprprv_mad $fpp1 rawmadfile $sca1 lambda 2 # 波長２の設定 wavelength $wave2 fprimv_mad $fp2 fprprv_mad $fpp2 rawmadfile $sca2 lambda 3 # 波長３の設定 wavelength $wave3 fprimv_mad $fp3 fprprv_mad $fpp3 rawmadfile $sca3 nres $NRES nanomalous $NANOM SCALE_MAD ANALYZE_MAD SOLVE EOD setenv CCP4_OPEN UNKNOWN # おまじない setenv SOLVETMPDIR /var/tmp # おまじない setenv SYMOP /usr/local/lib/solve/symop.lib # おまじない # RESOLVE開始！！ resolve<<EOD|tee resolve.log solvent_content 0.35 ! 溶媒含有量をここへ記入。 resolution 50 3.0 ! DM/モデル組み立てに使う分解能指定 EOD
- SAD基本
#!/bin/csh setenv CCP4_OPEN UNKNOWN # おまじない setenv SYMOP /usr/local/lib/solve/symop.lib # おまじない setenv SOLVETMPDIR /var/tmp # おまじない solve <<EOD |tee solve.log res_phase 15 3.0 # 位相を決定するのに利用する分解能範囲 resolution 15 2.1 # データの分解能範囲（最終的なsolve.mtz(OUTPUT)はこちらの分解能範囲で書き出される） SYMFILE /usr/local/lib/solve/c2.sym ! symmetry file for this space group CELL 45.981 48.974 45.876 90.000 118.153 90.000 logfile mad.logfile ! write out most information to this file. ! summary info will be written to "solve.prt" checksolve ! 重原子位置を入力する場合に入力値とSOLVEの解を比較するかどうか。 mad_atom Se ! 重原子種 refscattfactors ! SADの場合はしないほうが良い。しない場合は fixscattfactors READDENZO [ SCALEPACKのデータを読むよってこと。] [ おすすめは "no merge original index"フォーマットのデータ] [ "readformatted"はXDS処理のファイルを読むときに使うよ。] PREMERGED [PREMERGED= SCALEPACKデフォルトの時有効にする] [UNMERGED= SCALEPACK 'no merge original index'で出力した時に使う] READ_INTENSITIES [強度であることを指定。これ以外は多分つかわないだろ。] lambda 1 ! 波長の情報 label Wavelength # 1 ! ラベルをつけとこう。 wavelength 0.9791 ! 波長 fprprv_mad 3.8414 ! その波長の時のf" rawmadfile ../fin26_scala_ano.sca ! 生データ（.scaファイル）の名前 nres 94 [非対称単位中の残基数] nanomalous 2 [非対称単位中の重原子の数（大体）] sad solve EOD resolve<<EOD|tee resolve_buildonly.log solvent_content 0.35 ! your solvent content goes here. resolution 25 2.1 ! resolution limit. thorough_build EOD
