構造解析プログラムリスト
構造解析プログラム一覧
* 最初の手続き [#hd7a491a]
このプログラムを走らせるまでに、一通りL.S./C.G.L.Sリファインメントは終了していますね。~
SHELXのリファインメンとでは、Fo-Fcマップで見付かったピーク位置の座標が.resファイルに出力されています。
その座標のひとつをコピーして最初の水をアサインしてあげなければ、SHELXWATは走りません。
** やりかた [#i0ded3bd]
+直前のリファインメントの.resファイルを開く
+ファイルの最後の方にある'END'行を探します
+その下に'REM Highest reference peak'という文字列以下の行に座標がないですか？
+一番上の差フーリェ合成マップ上で高いピークを示している座標をコピーします
+ペーストする場所は、残基(RESI)情報がある、すぐ下です。以下、具体的に。
** どこに？ [#w09e870d]
私の.resファイル上では、最後の残+直前のリファインメントの.resファイルを開く
+ファイルの最後の方にある'END'行を探します
+その下に'REM Highest reference peak'という文字列以下の行に座標がないですか？
+一番上の差フーリェ合成マップ上で高いピークを示している座標をコピーします
+ペーストする場所は、残基(RESI)情報がある、すぐ下です。
RESI 83 SUL
S 5 0.816770 0.630398 -0.538336 10.50000 0.16376
O1 4 0.810732 0.643205 -0.508706 10.50000 0.30460
O2 4 0.829075 0.605603 -0.520266 10.50000 0.19137
O3 4 0.812083 0.622992 -0.577146 10.50000 0.24380
O4 4 0.823296 0.647890 -0.542033 10.50000 0.27939
HKLF 4
最後の残基情報は '83番目のS'(not アミノ酸)でした。
よく見れば'HKLF 4'という行が下に入っています。残基情報の終了はこの行を目安にするってことですね。
入れるのは最後の残基、RESI 83 と 'HKLF 4' の間
RESI 83 SUL
S 5 0.816770 0.630398 -0.538336 10.50000 0.16376
O1 4 0.810732 0.643205 -0.508706 10.50000 0.30460
O2 4 0.829075 0.605603 -0.520266 10.50000 0.19137
O3 4 0.812083 0.622992 -0.577146 10.50000 0.24380
O4 4 0.823296 0.647890 -0.542033 10.50000 0.27939
RESI 2001 HOH
O 4 0.57400 0.48818 -0.28249 11.00000 0.06137
HKLF 4
わかりますか？
** 書式 [#d4f30151]
座標はコピーするだけではだめで、そのピークが水だよ、ということがわかるように上記のように編集してください。
残基番号は任意ですが、他の残基とかぶらないようにだけ、注意しましょう。
*Mini techniques [#w5db0e25]
** My options [#r7b18c19]
-n10 -s4 -u0.5 -r0.6 -m50
*** -n [#x225a272]
Number of overall cycles
*** -s [#df3f3b66]
Scattering factor number for oxygen
*** -u [#obe7e485]
Starting isotropic U for new waters
*** -r [#w7a6f40e]
Water rejected if U refines to greater than this value
*** -m [#kaebb6ef]
Maximum number of waters to be added in one cycle
*** -h [#i5678d2d]
Half/full occupancies
*** -f [#rdafa8b8]
Full occupancies only
