クックブック

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 [[SHELXL]]
 [[SHELXLを使ってみよう]]
 #floatcontents
 
 * SHELXLクックブック [#f6f4d0a0]
 高分解能の構造解析のアーミーナイフ、SHELXL。使いこなしていませんが、メモ書きを増やしていきたいと思います。~
 &color(red){作成中};
 
 ** XDSの構造因子データをSHELXで使いたい [#a406e88c]
 :問題|XDSで処理したデータをSHELXで使いたい
 :解法|
 xdsconvを使ってSHELX形式のHKLファイルを作成します。
 
 ** 水素原子を発生させるときにエラーが出る [#s002a415]
 :問題|水素原子を発生させるときに''BAD AFIX CONNECTIVITY: N_1028a BONDS TO CA_1028a''というようなエラーが出る
 :解法|
 insファイルでN末端の水素の定義を行います。
  REM Remove 'REM' in following to activate H-atom generation
  
  HFIX 137 N_1028  <-- これを追加(エラーが出た残基番号にあわせる)
  
  HFIX_ALA 43 N
  HFIX_ALA 13 CA
  ...
 N末端が適切に処理されていないのが問題になるようです。とりあえず末端として水素原子を発生させるようにするとエラーは解消されます。
 
 ** 共有結合距離を実験的に求めたいので束縛をはずしたい [#a4f633b0]
 
 ** ESDを求めたい [#va925ff8]