* The Dundee PRODRG2 Server [#a5bfc22b]
#ref(screen.png,around,right,nolink)
PRODRG Webページより
>This WWW PRODRG server will convert coordinates for small molecules in PDB format to the following topology formats: GROMOS, GROMACS, WHAT IF, REFMAC5, CNS, O, SHELX, HEX and MOL2. In addition, coordinates for hydrogen atoms are generated.
PDBファイルから様々な形式のトポロジーファイルを生成してくれるWebサービスです。対応しているすべての形式のファイルを一括して出力するので、欲しいものだけ取り出すのが少々面倒ですが・・・~
スケッチコマンドで分子のスケッチを元に生成してくれるモードもあるようです。~
ベータ版のPRODRG 2.5 Serverも稼働しているようです。
** 関連ページ [#o7581165]
- [[コマンドラインでPRODRG>Happy Scripting/コマンドラインでPRODRG]]
** 引用文献 [#y66b833a]
Schüttelkopf AW, van Aalten DM.~
Schüttelkopf AW, van Aalten DM.~
PRODRG: a tool for high-throughput crystallography of protein-ligand complexes.~
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2004 Aug;60(Pt 8):1355-63. Epub 2004 Jul 21.
** 外部リンク [#g58b4b2b]
- http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/ -- PRODRG2
- http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta -- PRODRG2.5(beta)
