PDB_EXTRACT

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 構造解析プログラム一覧
 * PDB_EXTRACT -- CCP4 supported program [#d8d1f38f]
 PDBの登録項目をログファイルなどから抽出し、mmCIF形式で出力してプログラムです。~
 以前からあったらしいですがCCP4 6.1.1から標準で収録されています。今のバージョンではまだGUI部分は使えないようなのでコマンドラインから使います(たぶん)。私は使ったことはありませんが、使った人の話では結構便利だということです。
 
 ** インストール捕捉 [#e5b6074e]
 CCP4 6.1.1バイナリパッケージからインストールした場合ヘルプファイルがコピーされていないようです。そのため''pdb_extract -h''でヘルプを表示しようとしたときに「ヘルプファイルがない」というようなエラーが出力されます。~
 この問題を解決するためにはソースパッケージからファイルをコピーする必要があります。ソースパッケージの''ccp4-6.1.1/src/harvest_app_/pdb_extract''以下を''$CCP4/src/harvest_app_/pdb_extract''にコピーします。
 
 ** 単体のインストール [#z8286d07]
 #anno2(2011-08-09)
 
 *** ビルド [#qa412751]
 PDB_EXTRACTはちょくちょくバージョンアップしているので単体で入れてみました。Ver.3.11のバイナリは64bit版しかないようなので、32bitな私はビルドするしかないのです。今回はVer.3.11(2011-08-03)をインストールしました。makeのみですが・・・~
 インストーラがないので直接/usr/local以下でビルドします。
  # cd /usr/local
  # tar zxvf pdb-extract-v3.11-prod-src.tar.gz
  # mv pdb-extract-v3.11-prod-src pdb_extract-3.11    # この辺は好みで
  # cd pdb_extract-3.11
  # make
 
 *** 環境設定 [#u18ea872]
 .cshrcに環境変数を指定しておきます。
  setenv PDB_EXTRACT /usr/local/pdb_extract-3.11
  setenv PATH $PDB_EXTRACT/bin:$PATH
 変数PDB_EXTRACTを指定しないとヘルプが表示できません。
 
 ** 関連サイト [#pa497656]
 - PDB_EXTRACT online tool -- http://pdb-extract.rcsb.org/