構造解析プログラム一覧
* PDB_EXTRACT -- CCP4 supported program [#d8d1f38f]
PDBの登録項目をログファイルなどから抽出し、mmCIF形式で出力してプログラムです。~
以前からあったらしいですがCCP4 6.1.1から標準で収録されています。今のバージョンではまだGUI部分は使えないようなのでコマンドラインから使います(たぶん)。私は使ったことはありませんが、使った人の話では結構便利だということです。
** インストール捕捉 [#e5b6074e]
CCP4 6.1.1バイナリパッケージからインストールした場合ヘルプファイルがコピーされていないようです。そのため''pdb_extract -h''でヘルプを表示しようとしたときに「ヘルプファイルがない」というようなエラーが出力されます。~
この問題を解決するためにはソースパッケージからファイルをコピーする必要があります。ソースパッケージの''ccp4-6.1.1/src/harvest_app_/pdb_extract''以下を''$CCP4/src/harvest_app_/pdb_extract''にコピーします。
** 単体のインストール [#z8286d07]
#anno2(2011-08-09)
*** ビルド [#qa412751]
PDB_EXTRACTはちょくちょくバージョンアップしているので単体で入れてみました。Ver.3.11のバイナリは64bit版しかないようなので、32bitな私はビルドするしかないのです。今回はVer.3.11(2011-08-03)をインストールしました。makeのみですが・・・~
インストーラがないので直接/usr/local以下でビルドします。
# cd /usr/local
# tar zxvf pdb-extract-v3.11-prod-src.tar.gz
# mv pdb-extract-v3.11-prod-src pdb_extract-3.11 # この辺は好みで
# cd pdb_extract-3.11
# make
*** 環境設定 [#u18ea872]
.cshrcに環境変数を指定しておきます。
setenv PDB_EXTRACT /usr/local/pdb_extract-3.11
setenv PATH $PDB_EXTRACT/bin:$PATH
変数PDB_EXTRACTを指定しないとヘルプが表示できません。
** 関連サイト [#pa497656]
- PDB_EXTRACT online tool -- http://pdb-extract.rcsb.org/