* MolProbity [#z8ab02d7]
#classdiv(spec)
|~最新版|3.15 / 2008年3月7日 |
|~対応OS|Linux, MacOS|
|~種別 |Structure validation|
|~公式サイト|http://molprobity.biochem.duke.edu/|
|>|CENTER:&ref(molprobity_mini.png,center,nolink);|
#classdiv(end)
(ちゃんとドキュメントを読んでませんが・・・)MolProbityはいくつかのコマンドラインプログラムとWebインタフェースを合わせたプログラムパッケージです。基本的にはPDBファイルなどをアップロードして、構造の妥当性を評価するプログラムの集合だと理解しています。なお、このパッケージに含まれているprobeコマンドはCOOTも利用しているようで、probeコマンドにパスを通しておくと、COOT 0.5の[Validate]->[Probe crashes]が使えるようになります。
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公式サイトはプログラムの説明ではなく、いきなりMolProbityのユーザーMainページなので何かよくわからないと思います&sad;。一通り使って試したい場合は「PDB/NDB code」にPDB IDを入力してFetchをクリックすれば自動的にPDBからファイルを取得し、使うことができるようです。私はラマチャンドランプロットぐらいしか見てませんが・・・~
また、ブラウザ上で構造を表示することもできますが、Javaが必要です。
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MolProbity自体はオープンソースらしいのでダウンロードしてインストールすればサーバを構築することも可能です。ただ、PHPとApacheの設定が多少必要なので少し知識が必要かもしれません(サーバの設定はほぼディフォルトで動くと思いますが)。
** 関連ページ [#x3007994]
- [[インストール>./インストール]]
- 使い方
** 引用文献 [#a01a6f07]
Davis IW, Leaver-Fay A, Chen VB, Block JN, Kapral GJ, Wang X, Murray LW, Arendall WB 3rd, Snoeyink J, Richardson JS, Richardson DC.~
MolProbity: all-atom contacts and structure validation for proteins and nucleic acids.~
Nucleic Acids Res. 2007 Jul;35(Web Server issue):W375-83. Epub 2007 Apr 22.~
** 外部リンク [#xebbb369]
- 公式サイト -- http://molprobity.biochem.duke.edu/
- ダウンロード(公式サイト内右下リンク) -- http://molprobity.biochem.duke.edu/get_molprobity.php
- Richardson Lab(MolProbity等のサイト) -- http://kinemage.biochem.duke.edu/
** ディスカッション [#za93f83c]
#comment
