LIGPLOT
* LIGPLOTを使ってみよう [#d02971ca]
設定さえできていれば使い方は簡単です。
> ligplot pdb_filename [residue1] [residue2] [chain_id] [-w] [-h]
で使えます。~
注意点はここでの''ligplot''とは''ligplot.scr''というスクリプトファイルを指すということです([[インストール時>LIGPLOT/インストール]]にエイリアスを設定)。なお、実行したディレクトリにはログファイル等を含め20個ほどファイルが出力されるので、新たにディレクトリを作ってその中で実行する方がいいでしょう。
** 使用例 [#o9b6bb76]
#ref(ligplot.png,right,around,nolink)
*** その１ [#caba265e]
右の図はPDB 2DSYのNHE 1001に対してLIGPLOTしてみたものです。
% ligplot 2dsy.pdb NHE 1001 NHE 1001 C -w -h
オプションの''-w''は水分子も追加、''-h''はタイトルを追加(実行時に入力が促されます。ここでは''2DSY LIGPLOT TEST'')したものです。~
オプションの''-w''は水分子も追加、''-h''はタイトルを追加(実行時に入力が促されます。ここでは''2DSY LIGPLOT TEST''というタイトルを入れてみました)したものです。~
ここではPNG形式で貼り付けていますが、実際はligplot.psというPostScript形式で出力されます。
#br
この図はディフォルトの状態で出力したものですが、背景色や線の色は後述するように変更することができます。用途や好みに合わせて変更してみて下さい。
#clear
*** その２ [#efc70588]
例えばChain Bの602-604のグルコース鎖に対しては以下のように使用します。
% ligplot complex.pdb GLC 602 GLC 604 B
注意点として'''residue1'''、'''residue2'''は出現順だということです。私の場合たまたま数字の大きい方がPDBファイルの先に来ていて、ちょっとはまりました&huh;(通常はないと思いますが・・・)
#br
** 動作 [#m8237b44]
ligplotの実体であるligplot.scrを見れば動作の流れが分かります。
+ HBADD -- HBPLUSのインプットファイルを作成
+ HBPLUS -- 水素結合などの情報を作成
+ LOGPLOT -- 図を作成
の順で処理されているようです。
*** 図のカスタマイズ [#a962be98]
出力される図は背景がクリーム色、などと決まっていますが、これは同じディレクトリに作成されるligplot.prmを編集することで変更可能です。変更後は、
% ligonly complex.pdb GLC 602 GLC 604 B
というように''ligonly''スクリプトを使用するとHBADD、HBPLUSが再実行されずにLIGPLOTだけが実行されます。
