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 * GLOMACSのインストール &Vine5; [#z13bc404]
 分子動力学シミュレーション(MD)を行うことのできるGLOMACSをインストールしてみます。~
 * GROMACSのインストール &Vine5; [#z13bc404]
 分子動力学シミュレーション(MD)を行うことのできるGROMACSをインストールしてみます。~
 とにかく確認する、という状況でインストールしたのであまり細かいところまで突き詰めていませんが、一通りプログラムを使うことができました。~
 Intel Compiler 11.1と付属のIntel MKL 10.2を使用しました。
 
 ** 準備 [#l0c226d4]
 *** フーリエ変換ライブラリのfftw3のMKLインタフェースのビルド [#k4277871]
 Intel MKLに付属のfftwインタフェースライブラリをビルドします。ここで使用するのはFortran用?のfftw3xfです。Intel Compilerのベースディレクトリは/opt/intel/Compiler/11.1/046とします。rootで行います。私の環境では32bitで行いましたが64bitが必要な場合はlib64を指定します。
  # cd /opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/interfaces/fftw3xf
  # make lib32
 これで''libfftw3xf_intel.a''が生成されます。実際に使うのはlibfftw3f.aのようなのでシンボリックリンクを張ります。
  # ln -s libfftw3xf_intel.a libfftw3f.a
 
 ** GLOMACSのビルドとインストール [#nf2994ea]
 ** GROMACSのビルドとインストール [#nf2994ea]
 環境変数CC、LIBS、CPPFLAGSおよびLDFLAGSの設定が必要になります。
 環境変数は以下の通り。
 |環境変数|値|h
 |CC      |icc                                                                                              |
 |LIBS    |"-lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread"                                    |
 |CPPFLAGS|"-I/opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/include/fftw/"                                               |
 |LDFLAGS |"-L/opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/lib/32 -L/opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/interfaces/fftw3xf"|
 環境変数をセットしたら通常通りconfigureします。
  % source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/iccvars.sh ia32   <-- コンパイラにあわせる
  % source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ifortvars.sh ia32
  % tar zxvf gromacs-4.5.4.tar.gz
  % cd gromacs-4.5.4
  % ./configure --prefix=/usr/local/gromacs-4.5.4
  % make -j5   <-- コア数+1ぐらいがちょうどいい
  % make install
 
 ** 環境設定 [#qf0556c7]
 使用するにはパスを通せばいいようです。
  % setenv PATH /usr/local/gromacs-4.5.4/bin:$PATH
 
 これで使用できました。