GROMACSのインストール 
分子動力学シミュレーション(MD)を行うことのできるGROMACSをインストールしてみます。
とにかく確認する、という状況でインストールしたのであまり細かいところまで突き詰めていませんが、一通りプログラムを使うことができました。
Intel Compiler 11.1と付属のIntel MKL 10.2を使用しました。
準備
フーリエ変換ライブラリのfftw3のMKLインタフェースのビルド
Intel MKLに付属のfftwインタフェースライブラリをビルドします。ここで使用するのはFortran用?のfftw3xfです。Intel Compilerのベースディレクトリは/opt/intel/Compiler/11.1/046とします。rootで行います。私の環境では32bitで行いましたが64bitが必要な場合はlib64を指定します。
# cd /opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/interfaces/fftw3xf # make lib32
これでlibfftw3xf_intel.aが生成されます。実際に使うのはlibfftw3f.aのようなのでシンボリックリンクを張ります。
# ln -s libfftw3xf_intel.a libfftw3f.a
GROMACSのビルドとインストール
環境変数CC、LIBS、CPPFLAGSおよびLDFLAGSの設定が必要になります。 環境変数は以下の通り。
| 環境変数 | 値 |
| CC | icc |
| LIBS | "-lmkl_intel -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread" |
| CPPFLAGS | "-I/opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/include/fftw/" |
| LDFLAGS | "-L/opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/lib/32 -L/opt/intel/Compiler/11.1/046/mkl/interfaces/fftw3xf" |
環境変数をセットしたら通常通りconfigureします。
% source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/iccvars.sh ia32 <-- コンパイラにあわせる % source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/ifortvars.sh ia32 % tar zxvf gromacs-4.5.4.tar.gz % cd gromacs-4.5.4 % ./configure --prefix=/usr/local/gromacs-4.5.4 % make -j5 <-- コア数+1ぐらいがちょうどいい % make install
環境設定
使用するにはパスを通せばいいようです。
% setenv PATH /usr/local/gromacs-4.5.4/bin:$PATH
これで使用できました。
