構造解析ことはじめ
 CCP4
 #floatcontents
 * Cootのインストール &Vine5; &CentOS5; [#wd2b2af8]
 - [[Vine 4.2へのCOOT 0.6.1のインストール>./Vine4]]
 - [[Vine 5でのCOOT 0.5以前のメモ>./0.5以前]]
 
 ** 0.6.2のインストール &Vine5; [#w6cace5b]
 #anno2(2012-02-01 : 内容が混在していたため新規作成)
 
 *** ファイルの取得 [#naaaaec5]
 COOTは安定版とプレビュー版があり、通常は安定版が無難と思われますが、プレビュー版を追いかけたい方はNightly buildからダウンロードします。ここでは安定版に関してのみ説明します。
 - 安定版 -- http://lmb.bioch.ox.ac.uk/coot/software/binaries/releases/
 - プレビュー版 -- http://lmb.bioch.ox.ac.uk/coot/software/binaries/pre-releases/
 
 安定版のダウンロードディレクトリから以下のファイルをダウンロードします。
 - coot-0.6.2-binary-Linux-i386-centos-4-python-gtk2.tar.gz
 
 いろいろ種類があってややこしいのですが、Vine5の場合、CentOS4用で、Pythonスクリプト対応が含まれているパッケージを選択するとよさそうです。なおPythonが含まれていないパッケージもありますが、PHENIXと連携して使用する場合はPython対応必須です。
 
 *** ファイルの展開とインストール [#ab55b059]
 適切なファイルをダウンロードしたら/usr/local以下に展開します。以前はCCP4ディレクトリ以下への展開をオススメしていましたが、/usr/local直下の方がいいような気がします。rootで作業します。
  # cd /usr/local
  # tar zxvf coot-0.6.2-binary-Linux-i386-centos-4-python-gtk2.tar.gz
 これで/usr/local/coot-Linux-i386-centos-4-gtk2-pythonというディレクトリ以下に展開されますが、長ったらしいので名前を変更します。
  # mv /usr/local/coot-Linux-i386-centos-4-gtk2-python /usr/local/coot-0.6.2
 
 *** 実行パスの設定 [#a4e21a05]
 実行パスは.cshrc内などで設定してもいいのですが、通常はCCP4と併用することになると思うのでCCP4のセットアップファイルに記述します。
 
 :/usr/local/ccp4-6.2.0/setup-scripts/sh/ccp4-others.setup|
  export PATH=&color(red){''/usr/local/coot-0.6.2/bin:''};/usr/local/ccp4-6.2.0/fasta-35.4.1/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/clustalw-2.0.9/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/tcltkplusplus/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/ccp4-6.2.0/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/ccp4-6.2.0/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/ccp4mg-2.5.0/bin:${PATH}
 
 :/usr/local/ccp4-6.2.0/setup-scripts/csh/ccp4-others.setup|
  setenv PATH &color(red){''/usr/local/coot-0.6.2/bin:''};/usr/local/coot-0.6.2/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/fasta-35.4.1/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/clustalw-2.0.9/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/tcltkplusplus/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/ccp4-6.2.0//bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/ccp4-6.2.0/bin:/usr/local/ccp4-6.2.0/ccp4mg-2.5.0/bin:${PATH}
 
 以上のように修正して再ログインすれば使用可能になります。
 
 ** ファイルの修正など [#m7042f80]
 *** ライブラリへのシンボリックリンク [#v2f8b58c]
 cURLのバージョンとの関連だと思われますが、インストール後ライブラリへのシンボリックリンクが必要となります。私の環境では以下のようにリンクを張りました。
 :/usr/local/coot-0.6.2/lib以下|
 - libldap-2.2.so.7 -> /usr/lib/libldap-2.4.so.2
 - libssl.so.4 -> /usr/lib/libssl3.so
 - libcrypto.so.4 -> /lib/libcrypto.so.6
 
 具体的な手順は以下の通り &Vine5;
  # cd /usr/local/coot-0.6.1/lib <-- COOTインストールディレクトリ以下のlibディレクトリに移動
  # ln -s /usr/lib/libldap-2.4.so.2 libldap-2.2.so.7
  # ln -s /usr/lib/libssl3.so libssl.so.4
  # ln -s /lib/libcrypto.so.6 libcrypto.so.4
 これで起動可能なはずです。もう一つの手段としてバイナリファイルcoot-real, curl, libcurl.so.4.1.1の共有ライブラリファイル名の部分を0x00で上書きするという力技も可能ですが、この手順の方が簡単な上確実だと思います&smile;
 
 ちなみにCentOS5では以下の様になります &CentOS5;
  # ln -s /usr/lib/libldap-2.3.so.0 libldap-2.2.so.7  <-- これが異なる
  # ln -s /usr/lib/libssl3.so libssl.so.4
  # ln -s /lib/libcrypto.so.6 libcrypto.so.4
 
 *** OKやCancelボタンが黒くなる問題の修正 &Vine5; [#q8ef82ed]
 Vine5ではダイアログボックスなどのOKやCancelボタンが黒くなってしまいます。これはcootrcを修正することで解消されます。修正点は以下の通り。~
 :/usr/local/coot-0.6.2/share/coot/cootrc''です。
  48 style "button" = "default"
  49 {
  50 #  fg[PRELIGHT] = { 1.0, 1.0, 1.0 }
  51 #  bg[PRELIGHT] = { 0, 0, 0.75 }
  52    bg[PRELIGHT] = { 0.93, 0.93, 0.96 }
  53    fg[PRELIGHT] = { 0.0, 0.0, 0.0 }
  54    bg[NORMAL] = { 0.85, 0.85, 0.85 } <-- 追加
  55    fg[NORMAL] = { 0.0, 0.0, 0.0 }    <-- 追加
  56 }  
 リビジョンによって若干の違いはあるかもしれませんが、だいたい50行目付近のbuttonスタイルの定義の部分を修正します。この例だと54行目、55行目のbg[NORMAL]およびfg[NORMAL]が背景色、文字色に相当します。
 
 *** メニューのフォントを変える &Vine5; [#oae560e2]
 上と同様にしてcootrcを修正することで、メニューのフォントを変えることができます。
  23 style "defaultfont"
  24 {
  25 #  fontset = "-adobe-helvetica-medium-r-normal--*-100-*-*-*-*-*-*,*"
  26 #  font = "-adobe-helvetica-medium-r-normal--*-75-*-*-*-*-*-*,*" <-- コメントアウト
  27    font_name = "VL Gothic"                                       <-- 追加
  28 }
 
 *** PROBEを使う [#q5a060aa]
 MolProbityのPROBEコマンドをインストールしておくと[Validate]->[Probe crashes]コマンドが使えるようになります。
 
 * COOTをビルドしよう！ -- &color(red){上級者向き;しかも古いかも}; [#ac6b961d]
 * COOTをビルドしよう！ -- &color(red){上級者向き}; [#ac6b961d]
 ** aptでインストール [#a345f93a]
 - rsync
 
 ** 手順 [#r205785a]
 どうしても自分でCOOTをビルドしてみたい！という人は以下の操作でビルドできるようです。すべてのファイルを自動でダウンロードしてビルドしていくので非常に時間がかかると思います(なんせ、GTKまで取りに行くぐらいですから・・・)。正確に計ったわけではありませんが30分から1時間ぐらいは覚悟しましょう。~
 自動ビルドスクリプトがCOOTのサイトにあるのでそれをとってきます。最新版を使わないとうまくいかないかも。-- http://www.ysbl.york.ac.uk/~emsley/build-logs/build-it
  % setenv AUTOBUILD_BUILD /home/dobuo/coot-autobuild
  % build-it
 Python対応版が欲しいときは''build-it python''というようにするとbuild_typeがgtk1-pythonになります。またディフォルトではログファイルは''$HOME/public_html''以下に出力されますが、環境変数''LOGS''をセットすることで出力先を変更できます。~
 その他の設定次第ではIntel Compilerも使えるかも？(試してませんが)~
 ディフォルトの状態ではビルドされたファイル群は$HOME/autobuild以下に出力されます。どうやらNightly buildを作るためのもののようです。2008年12月16日ではCoot-0.6-pre1 build-1694でした。