* CentOSでのインストール [#h2d238f1]
たまには毛色を変えてCentOSを使ってみようと思います。~
余っている遊びPCがないのでVirtualBoxを使って試していますが、おそらく実環境でも問題ないと思います。今回試したのはCentOS 5.2です。~
CCP4 wikiにも記事が載っているのでそちらを見てもらってもいいかもしれません。
- CentOS -- http://strucbio.biologie.uni-konstanz.de/ccp4wiki/index.php/CentOS
** yumでインストール [#t44efcaf]
yumを使ってパッケージをインストールします。
# yum -y install <パッケージ>
みたいです。
- gcc gcc-g++ gcc-gfortran ncurses-devel python-devel tcl tk
- &color(red){''compat-libstdc++-33''};
g++やgfortranなどは不要かもしれませんが、他のアプリケーションをビルドするときに使う場合もあるのでインストールしておきます。
g++やgfortranなどは不要かもしれませんが、他のアプリケーションをビルドするときに使う場合もあるのでインストールしておきます。ライブラリが必要になるのでcompat-libstdc++は必須です。
** 追加パッケージのインストール [#e1614ec1]
&color(red){All packages選択時不要};~
CCP4のダウンロードでBLTを選択しない場合、必要になるのでインストールします。rpmがネットワークから直接インストールできるって知らなかった・・・
# rpm -Uvh http://apt.bioxray.dk/rhel/el4/i386/RPMS.xray/blt-2.4z-1.2.el4.mok.i386.rpm
RedHat Enterprise Linux (RHEL) 4のパッケージのようですが、問題ないとのこと。
** CCP4パッケージの取得 [#hb95a73c]
CCP4のパッケージを取得する際は''Choose platform''で''Linux -> [Fedora Core 1->6(x86)]''を選びます。通常はAll packagesで問題ないと思います。パッケージを選択する場合は、必要なパッケージのExecutablesを選択します。システムに詳しくない人はExternal toolsも含めておく方が無難かもしれません。
- CCP4パッケージだけの容量
CCP4 Program Suite v6.0.2 (Executables) 262.1 MB
Phaser v2.1.1 and CCTBX (Executables) 209.9 MB
Rampage v0.10.0 (Executables) 33.3 MB
CHOOCH v5.02 (Executables) 15.8 MB
CCP4 Molecular Graphics v1.1.1 (Executables) 237.6 MB
COOT v0.3.3 (Executables) 319.9 MB
Total estimated unpacked size : 1078.6 MB
Estimated size of compressed download file : 351.3 MB <-- ダウンロードサイズ
- External toolsを追加すると30MBぐらい増加します
** インストール [#r05eb285]
インストール手順は大したことありません。rootで作業します。
# mkdir /usr/local/ccp4
# cd /usr/local/ccp4
# tar xvf CCP4-Lin-Fedora.tar
# ./install.sh
#############################
# INSTALLER FOR CCP4 v6.0.2 #
#############################
Installing the following packages:
CCP4 executables
PHASER/CCTBX executables
CHOOCH executables
CCP4mg executables
Coot executables
Do you want to keep all default parameters for installation (yes/no):
Currently [yes]
NB: By default, the crystallographic packages will be extracted and built here.
However, Python, TclTkBlt and the Chooch support libraries will attempt to
install some of their binaries in /usr/local/bin and /usr/local/lib. If you
do not have the necessary permissions to do this, you should select [no] and
specify the location explicitly.
<-- [Enter]を入力
We are now ready to install : CCP4 Program Suite v6.0.2, Phaser v2.1.1 and CCTBX,
Rampage v0.10.0, CHOOCH v5.02, CCP4 Molecular Graphics v1.1.1, COOT v0.3.3.
NB: The remaining usually does not require your intervention.
If it is your first installation of CCP4 you might be prompted to agree licence first.
Press return to start.
<-- [Enter]を入力
unpacking program packages...
#######################
# CHOOCH Installation #
#######################
Chooch will be installed in /usr/local/ccp4/ccp4-6.0.2//bin
Chooch support libraries will be installed under /usr/local
Copying Chooch executable...
Copying Chooch support libraries...
Done...
######################
# CCP4 Installation #
######################
Creating ccp4.setup file...
Installing CCP4...
The installation of CCP4 Program Suite v6.0.2, Phaser v2.1.1 and CCTBX,
Rampage v0.10.0, CHOOCH v5.02, CCP4 Molecular Graphics v1.1.1, COOT v0.3.3 is now completed
For more information on Phaser, see /usr/local/ccp4/ccp4-6.0.2/BINARY_phaser.about
Configuration files has been copied in /usr/local/ccp4/setup-scripts/
To setup CCP4 environment, source the file setup-scripts/<yourshell>/ccp4.setup
To be able to access other CCP4 software or tools from anywhere, source the file setup-scripts/<yourshell>/
ccp4-others.setup
Thank you for using CCP4.
でインストールされます。External toolsを追加している場合、Tcl/Tkなどのインストールメッセージも出力されます。~
この後の設定は[[Vineへのインストール>../]]を参照して下さい.
** トラブル [#b6bf8ca9]
今のところのトラブルです。
*** COOT 0.3.3が動かない [#tbece959]
>/usr/local/ccp4/Coot-0.3.3/bin/coot-real: error while loading shared libraries: libstdc++.so.5: cannot open shared object file: no such file or directory
というエラーが出て起動しませんでした。メッセージの通りlibstdc++.so.5が不足しているのが原因です。COOT以外でも発生するかもしれません。
# yum install compat-libstdc++-33
でcompat-libstdc++-33パッケージをインストールすれば解消します。
