#norelated
 * 取り上げた構造解析プログラムの一覧 [#ob68dd6b]
 ここでは、BioKidsで扱ったプログラムの一覧を掲載します。一応分類していますが適当かも・・・~
 プログラム名は分類によっては重複しています。
 
 ** 自動化プログラム [#b5b438f2]
 大部分を自動で処理してくれるプログラムたち。
 
 - XIA2 -- データ処理
 - MrBUMP -- 分子置換
 - BALBES -- 分子置換
 - [[ARP/wARP>ARP_wARP]] -- モデル構築
 - BUCCANEER -- モデル構築
 - PHENIX -- 統合環境
 
 ** 解析用プログラム [#f208adcd]
 *** データ処理(積分＋スケーリング) [#u2775c6e]
 - IDIFFDISP -- 回折イメージ表示(CCP4)
 - MOSFLM
 - iMOSFLM -- 統合データ処理インタフェース。HKL2000キラーになるか？(CCP4)
 - HKL2000(DENZO)
 - [[XDS]]
 - XIA2 -- 自動データ処理
 - POSTREF -- ポストリファインメント(CCP4)
 
 *** 分子置換 [#d9993bf0]
 - MrBUMP -- 自動分子置換
 - BALBES -- 全自動分子置換
 - EPMR
 
 *** 位相決定 [#g45521f4]
 - SHELX
 - [[SOLVE/RESOLVE>SOLVE RESOLVE]] -- 位相決定、位相改良
 - [[SnB]]
 - [[SHARP]] -- 位相決定(SHELX,ARP/wARPを使うらしい)
 - HKL2MAP
 
 *** モデリング [#de9224ac]
 - [[ARP/wARP>ARP_wARP]] -- 自動モデリング
 - BUCCANEER -- 自動モデリング
 
 *** モデル精密化 [#nb22999a]
 - [[CNS]]
 - LAFIRE -- 自動精密化
 - SHELXL
 - SHELXWAT
 
 *** 構造チェック [#acdb279e]
 - RAMPAGE -- 最近標準の構造の妥当性チェック(CCP4)
 - PROCHECK -- 以前使われていた構造の妥当性チェック(CCP4)
 - MolProbity -- 構造の妥当性チェックスイート
 - SFCHECK
 - DSSP -- 二次構造のアサイン
 - WHAT_CHECK -- 構造の検証
 - [[PDB Validation Suite]] -- 構造の検証
 
 *** ユーザーインタフェース [#y1d3ea95]
 - CCP4i
 - PHENIX
 
 *** 解析用パッケージ [#y866b1d9]
 - CCP4 -- 結晶構造解析統合プログラムスイート
 - PHENIX -- 統合プログラムスイート(PHASER, RESOLVEを含む)
 
 *** その他 [#pdbec1a2]
 - 計算
 -- CROSSEC -- 異常散乱因子の計算値を求める(CCP4)
 - ファイル変換
 -- [[FFT]] -- MTZから電子密度マップを作成(CCP4)
 -- MAKECIF -- PDBファイルからリストレインを含むCIFファイルを作成(CCP4)
 - シークエンスアライメント
 -- ClustalW
 -- FASTA
 - いろいろ
 -- EMBOSS
 -- RAVE -- ユーティリティ集
 -- FIT2D
 -- MLFSOM -- PDBから回折イメージを出力
 -- PDB_EXTRACT -- ログファイルなどから登録に必要な情報を抽出
 -- PDB_EXTRACT_SF -- 構造因子ファイルをmmCIFに変換。
 -- DIFF2JPEG -- 回折イメージをJPEG形式に変換(CCP4)
 -- BAUBLES -- CCP4のログファイルをHTMLに整形する
 -- ROSETTA -- 強力な構造予測ライブラリ等
 
 ** ヴィジュアル系プログラム [#q4b3337c]
 - COOT -- モデルビルディング(CCP4)
 - PyMOL -- 高機能な可視化プログラム
 -- CAVER -- キャビティ表示
 - MOLSCRIPT -- 論文用お絵かきプログラム
 - Raster3D -- MOLSCRIPTと組み合わせてきれいな絵をレンダリングします
 - CCP4MG -- CCP4で開発されている論文用お絵かきプログラム
 - XtalView -- モデルビルディング
 - [[O]] -- モデルビルディング
 - MIFit -- モデルビルディング
 - LIGPLOT -- リガンドなどの結合情報を平面に落とし込みます
 - MOLMOL -- ちょっと古いお絵描きプログラム
 - CueMol -- 国産の構造ビュアー
 
 ** 分子動力学計算用プログラム [#v4e469c7]
 - AMBER -- MDではよく使われているそうです
 - CHARMM -- これもよく使われているそうです
 - GLOMACS -- フリーのMD用プログラム
 
 ** Webサービス [#nf84605d]
 - PRODRG
 
 ** ライブラリなど [#i1523f37]
 - CCTBX -- Computational Crystallography Toolbox