構造解析ことはじめ/01 PC環境/3 プログラムのインストールの変更点

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 #navi2(構造解析ことはじめ/01 PC環境)
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 * 構造解析プログラムのインストール [#j9f2b982]
 以下のものはインストールして起動を確認したプログラムたちです。~
 ここに書いてあるもの全てが必要というわけではなく、必要に応じてインストールしていくのがよいでしょう。~
 対応ディストリビューション
 - &Vine5; Vine 5.x(主にVine 5.2)
 - &Vine4; Vine 4.x(主にVine 4.2)
 - &CentOS5; -- CentOS 5.x(主にCentOS 5.5)
 
 基本の確認はVine 5.2で行っていますので、時間があるときにCentOSの確認を追加していく予定です。
 
 ** 標準的なプログラム [#ff64f6a8]
 - [[Intel Compiler>Intel Compiler/インストール]] -- CNSやAMBERなどをコンパイルするときに使用します
 
 ** データ処理 [#s2c4255e]
 - [[XDS>XDS/インストール]] -- 玄人ごのみのデータ処理プログラム
 
 ** 解析用プログラム [#m5aaaee4]
 - [[CNS>CNS/インストール]] -- Intel Compilerを使ってコンパイル
 - [[CCP4>CCP4/インストール]] -- バイナリインストール(以下のものも入ります)/Intel Compilerを使ってコンパイル
 -- Phaser and CCTBX
 -- CHOOCH
 -- CCP4 Molecular Graphics(CCP4MG)
 -- COOT
 -- RasMol -- CCP4と一緒に入るって知らなかった
 - CCP4その他
 -- [[Advanced CCP4 6.0.2>CCP4/Advancedインストール]] -- 極上のCCP4を目指そう(準備中)
 -- [[COOT>COOT/インストール]] -- CCP4インストール後にインストール
 -- [[ARP/wARP>ARP_wARP/インストール]] -- バイナリインストール
 -- [[MrBUMP>MrBUMP/インストール]] -- CCP4iにインストール
 -- [[XIA2>XIA2/インストール]] -- CCP4の追加パッケージ
 -- [[BALBES>BALBES/インストール]] -- 新バージョンをインストール(1.0.0)
 - [[SnB>SnB/インストール]] -- Java環境と共にセットアップ
 - [[SOLVE/RESOLVE>SOLVE RESOLVE/インストール]] -- バイナリインストール
 - [[EMBOSS>EMBOSS/インストール]] -- Intel Compilerを使ってインストール
 - HKL2000 -- バイナリインストール
 - [[PHENIX>PHENIX/インストール]] -- Phaser/RESOLVEなどの統合環境
 - [[RAVE>RAVE/インストール]] -- バイナリインストール
 - [[ClustalW>ClustalW/インストール]] -- Intel Compilerを使ってインストール
 - [[FASTA>FASTA/インストール]] -- Intel Compilerを使ってインストール
 - [[LAFIRE>LAFIRE/インストール]] -- バイナリインストールと設定
 - [[SHARP>SHARP/インストール]] -- バイナリインストール
 - [[SHELX-97>SHELX/インストール]] -- Intel Compilerおよびバイナリインストール
 
 ** ヴィジュアル系プログラム [#m472d214]
 - [[MOLSCRIPT GL版>MOLSCRIPT/インストール]] -- MOLSCRIPTをGL機能付きでコンパイル
 - [[Raster3D>Raster3D/インストール]] -- SRPMを使ってさくっとインストール
 - [[XtalView>XtalView/インストール]] -- バイナリインストール
 - [[O>O/インストール]] -- バイナリインストール
 - [[PyMOL>PyMOL/インストール]] -- Open Source版。Ver.1.0以降は自分でコンパイルが必要になりました
 - [[MIFit>MIFit/インストール]] -- バイナリインストール
 - [[LIGPLOT>LIGPLOT/インストール]] -- ソースファイル取得方法とインストール
 - [[MOLMOL>MOLMOL/インストール]] -- ソースからインストール
 
 ** 分子動力学シミュレーション [#fb7adc93]
 - [[AMBER 8>AMBER/インストール]] -- MPI版もインストール(Intel Compiler 11)
 - [[CHARMM>CHARMM/インストール]] -- c32b2をインストール(Intel Compiler 11)
 
 ** 解析関係のライブラリなど [#cc2b6007]
 - CCTBX
 
 ** 準備中 [#lac47bf9]
 - HKL2MAP
 
 ** 趣味のツール類 [#ieda385d]
 *** aptでインストールしたもの [#l8bd1140]
 - ftp -- 最近はftpが標準で入ってないですね
 - telnet -- 同上
 - bind-utils -- たまにnslookupが欲しくなるから
 - firefox -- やっぱこれでしょう
 - task-xfce -- 軽いWindow Manager。最近使いはじめました
 - WindowMaker -- 好きだから(今やout of dateの感がありますが。2006/06現在でwindowmaker.orgに接続できない・・・と思ったらwindowmaker.infoってのができてた(2006/12))
 - wget -- リモート環境でファイル取得する際に必要だから
 - imlib2 -- Etermをインストールするのに必要
 
 *** 取ってきたrpmをインストールしたもの [#oe02cf62]
 - libast http://www.eterm.org/ -- Etermをインストールするのに必要
 - Eterm http://www.eterm.org/ -- WindowMakerにはEtermでしょ！
 
 ** Linuxに構造解析プログラムインストール記録 [#j0ce1543]
 - povscriptのインストール
 - XDSのインストール
 
 ** その他困っていること [#y347355d]
 インストールや環境設定関連で困っていることがあればどうぞ。可能ならまとめていきたいと思います。Vine Linux以外でもOKです&smile;
 - HKL2000をCentOS6.3 64bit上で使用するために必要なライブラリーのインストール方法は？ -- すー &new{2013-04-09 (火) 15:14:33};
 - yum install glibc.i686 libX11.i686 mesa-libGLU.i686 libXmu.i686 xorg-x11-fonts-75dpi　それでもHKL2000がコアダンプするなら最新no -- すー &new{2013-04-10 (水) 18:21:17};
 -- HKL2000ってプログラム自体は32bit? それなら32bit版のライブラリを一通り入れれば動くのかも。使ったことないのでよくわかりませんが(^^; -- どぶお &new{2013-04-10 (水) 21:37:27};
 - 大変有益なサイトです。感謝します。molmolをCentOS6.4 32bitにインストールしたいですが、なかなか難しいです。mesa-libGLw-6.5.1-10el6.i686です。 -- かめ &new{2013-07-25 (木) 16:44:52};
 - ソースmesa-libGL-6.5.1-10.el6のSPEC(mesa-with-motif.spec)ファイルの作り方を教えていただけませんか -- かめ &new{2013-07-26 (金) 19:12:05};
 -- 回答が遅くなりました。Motif関連は自分でビルドしなくても標準パッケージでOKなようです。インストール情報を更新しました -- どぶお &new{2013-08-19 (月) 09:53:16};
 - お忙しい所、インストール情報を更新して頂いて、有り難う御座います。うまくインストールできました。お礼を遅れて、申し訳ございません。感謝します。 -- かめ &new{2013-12-09 (月) 18:54:43};
 
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