#norelated
#navi(構造解析ことはじめ/01 PC環境)
* Linuxをインストールする [#e52424e2]
** 構造解析環境はどうする？ [#w5423ef6]
#anno2(2011-09-02 by どぶお)
#anno2(2011-12-08 修正 by どぶお)
~おそらく、最も適しているのはLinux系OSだと思われます。私は全く使わないので分かりませんがMacOS Xも十分便利に使えるようです。さらに、一部のプログラムになりますが、Windowsにも対応しているのが増えてきていますので、Windows環境でもある程度対応できるようです。
~このサイトではLinux環境がベースですが、Windowsによる環境もできる限り取り上げようと思います。CCP4やPyMOL程度しか使わないのであればWindows環境でも何とかなるでしょう。
** ここではLinux [#hf187fe3]
まずは構造解析環境を構築するためのLinuxをPCにインストールします。最近のLinuxディストリビューションはインストールも簡単になり、CDで起動すればあとは画面に従っていけばインストールされる、というものがほとんどだと思います。Linuxディストリビューションには様々なものがあり、どれを使うかは個人の好みなどもあり少々悩むところです。~
どのディストリビューションにもそれなりのウリがあり、どれがいいとは一概には言えないのですが、どぶ的にはVine Linux(http://vinelinux.org/)が使い慣れていてお気に入りなので((インストールされるパッケージが比較的少ないのと、メジャーバージョンアップ間隔が長いので煩わしくないです))、Vine Linuxで構造解析PCを構築しています。現在、Vine Linux 5.2で構築した環境で構造解析を行っていますが、それほど困ることもなく使えています。余談ですが、SPring-8構造生物学ビームラインであるBL38B1およびBL41XU備え付けのユーザー用PCはほとんどがVine Linuxを採用しており(今後Ubuntuなどに移行するかもという話ですが)、Photon FactoryではCentOSを採用しているようです。また世界的にはRedHat Enterprise Linux(RHEL)互換ディストリビューションであるCentOSが、ヨーロッパ地域ではSuSE Linuxが人気があるようです。もちろんLinuxディストリビューションの雄、Fedoraも選択肢に入りますが、容量が大きい上にメジャーバージョンアップ間隔が短い(約半年)のであまりおすすめはしません。また、ユーザーフレンドリーと言われるUbuntuもよく使われているようです。
- Vine Linux -- 本ページでメインに扱います
- CentOS -- 一般的。RHELと互換があるので扱いやすい(かも)。現在インストール情報追加中。
- SuSE Linux -- ヨーロッパ地域で人気だそうです
- Fedora -- 何でもこいの巨大ディストリビューション。スタンダードではありますが
- Gentoo -- 初心者には敷居が高いかも。Linux中〜上級者向け
- Ubuntu -- 最近アツい。半年ごとの定期的なリリース。3年間のセキュリティアップデートがある
- その他 -- 誰かインストールCDでインストールするだけで基本的な構造解析プログラムが入るディストリビューションを作って下さい
** 必要なスキル [#e5698f8e]
最低限の操作(OSのインストール、エディタの使い方、ソースからのコンパイルなど)はできるという前提なのでわからない場合は適当に調べて下さい⌣。また、あまりにも一般的でない用語は解説するようにしていますが、それ以外の用語はネット上で調べて下さい。~
''特に断りがない限り、コマンドラインの入力は%は一般ユーザー、#はrootで行うことを示します''
- 参考サイト：[[X線結晶構造解析のためのプログラムインストールメモ:http://www2.ncc.u-tokai.ac.jp/okamoto/info/crystal/index.html]] -- 詳しい解説があります(内容が少々古いので注意が必要です)
ここでは、Vineは5.2をメインに扱います。適宜修正していますが、一部、Vine 3.2/4.2をベースにした記述が残っている文書がありますので注意してください。Vine以外を使っている人も多いので割と一般的だと思われるCentOSも扱い始めました。FedoraもCentOSに近い設定で対応できると思います。~
VineはDebianで発展してきたaptによるパッケージ管理を、CentOSはyumによるパッケージ管理を行っていますが、どちらもrpmパッケージなので共通点は多いと思います。
#navi(構造解析ことはじめ/01 PC環境)
