* CIFフォーマットを確認した [#zd0b9d1d]
 ** [[VAL:http://ligand-expo.rcsb.org/reports/V/VAL/VAL.cif]]の場合 (冒頭から一部を省略して抜粋) [#oaf0e710]
  data_VAL
  # 
  _chem_comp.id                                    VAL 
  _chem_comp.name                                  VALINE 
  _chem_comp.type                                  "L-PEPTIDE LINKING" 
  _chem_comp.pdbx_type                             ATOMP 
  _chem_comp.formula                               "C5 H11 N O2" 
  _chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
  _chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
  _chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
  _chem_comp.pdbx_initial_date                     1999-07-08 
  (略)
  # 
  loop_
  _chem_comp_atom.comp_id 
  _chem_comp_atom.atom_id 
  _chem_comp_atom.alt_atom_id 
  _chem_comp_atom.type_symbol 
  _chem_comp_atom.charge 
  _chem_comp_atom.pdbx_align 
  _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
  _chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
  _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
  _chem_comp_atom.model_Cartn_x 
  _chem_comp_atom.model_Cartn_y 
  _chem_comp_atom.model_Cartn_z 
  _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
  _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
  _chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
  _chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
  _chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
  _chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
  VAL N    N    N 0 1 N N N 11.009 2.661 48.464 1.564  -0.642 0.454  N    VAL 1  
  VAL CA   CA   C 0 1 N N S 10.415 3.985 48.550 0.145  -0.698 0.079  CA   VAL 2  
  VAL C    C    C 0 1 N N N 10.002 4.429 49.975 -0.037 -0.093 -1.288 C    VAL 3  
  VAL O    O    O 0 1 N N N 9.312  3.707 50.680 0.703  0.784  -1.664 O    VAL 4  
  VAL CB   CB   C 0 1 N N N 9.230  4.107 47.566 -0.682 0.086  1.098  CB   VAL 5  
  VAL CG1  CG1  C 0 1 N N N 8.585  5.457 47.708 -0.497 -0.528 2.487  CG1  VAL 6  
  VAL CG2  CG2  C 0 1 N N N 9.689  3.877 46.132 -0.218 1.543  1.119  CG2  VAL 7  
  VAL OXT  OXT  O 0 1 N Y N 10.377 5.639 50.362 -1.022 -0.529 -2.089 OXT  VAL 8  
  VAL H    H    H 0 1 N N N 11.281 2.368 47.525 1.825  0.332  0.455  H    VAL 9  
  VAL H2   HN2  H 0 1 N Y N 10.386 1.968 48.881 1.624  -0.959 1.410  H2   VAL 10 
  VAL HA   HA   H 0 1 N N N 11.226 4.692 48.259 -0.186 -1.736 0.064  HA   VAL 11 
  VAL HB   HB   H 0 1 N N N 8.478  3.321 47.813 -1.736 0.044  0.820  HB   VAL 12 
  VAL HG11 1HG1 H 0 0 N N N 7.729  5.545 46.997 -1.087 0.031  3.214  HG11 VAL 13 
  VAL HG12 2HG1 H 0 0 N N N 8.279  5.666 48.759 -0.828 -1.566 2.472  HG12 VAL 14 
  VAL HG13 3HG1 H 0 0 N N N 9.319  6.287 47.584 0.555  -0.486 2.765  HG13 VAL 15 
  VAL HG21 1HG2 H 0 0 N N N 8.833  3.965 45.421 0.835  1.585  1.397  HG21 VAL 16 
  VAL HG22 2HG2 H 0 0 N N N 10.527 4.557 45.853 -0.350 1.981  0.130  HG22 VAL 17 
  VAL HG23 3HG2 H 0 0 N N N 10.218 2.902 46.020 -0.808 2.103  1.845  HG23 VAL 18 
  VAL HXT  HXT  H 0 1 N Y N 10.123 5.911 51.236 -1.139 -0.140 -2.967 HXT  VAL 19 
  # 
 こんな感じ。~
 [[CIF (Crystallographic Information Framework):http://www.iucr.org/resources/cif/]]を基に拡張された[[mmCIF (macromolecular CIF):http://mmcif.pdb.org/]]では、''data_xxxxx'' で始まる。記述される項目名は ''_カテゴリ名.アイテム名'' として定義されている。該当する項目のデータ数が1の場合は、"項目名 値" の形式で記述する (例: _chem_comp.*)。データ数が複数である場合は、まとめて記述したい項目名一式 (例: _chem_comp_atom.*) に続いてデータを空白や改行で区切って記述する。さらに、これらの項目名一式を適用する範囲を定義するため、項目名一式の前に ''loop_'' を記述する。各カテゴリの末尾には ''#'' を記述する。
 [[CIF (Crystallographic Information Framework):http://www.iucr.org/resources/cif/]]を基に拡張された[[mmCIF (macromolecular CIF):http://mmcif.pdb.org/]]は、ファイルの冒頭が ''data_xxxxx'' で始まる。記述される項目名は ''_カテゴリ名.アイテム名'' として定義されている。該当する項目のデータ数が1の場合は、"項目名 値" の形式で記述する (例: _chem_comp.*)。データ数が複数である場合は、まとめて記述したい項目名一式 (例: _chem_comp_atom.*) に続いてデータを空白や改行で区切って記述する。さらに、これらの項目名一式を適用する範囲を定義するため、項目名一式の前に ''loop_'' を記述する。各カテゴリの末尾には ''#'' を記述する。
 
 以上のルールに従って上記のデータを読むと、HG11と1HG1の違いについては
 
 - HG11 -- _chem_comp_atom.atom_id
 - 1HG1 -- _chem_comp_atom.alt_atom_id
 
 となる。~
 
 参考: [[chem_comp_atomカテゴリの解説:http://mmcif.pdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx.dic/Categories/chem_comp_atom.html]]
 
 *** [[_chem_comp_atom.atom_id:http://mmcif.pdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx.dic/Items/_chem_comp_atom.alt_atom_id.html]] [#eb80c1a8]
 >The value of _chem_comp_atom.atom_id must uniquely identify
 each atom in each monomer in the CHEM_COMP_ATOM list.~
 The atom identifiers need not be unique over all atoms in the
 data block; they need only be unique for each atom in a component.~
 Note that this item need not be a number; it can be any unique identifier.
 
 *** [[_chem_comp_atom.alt_atom_id:http://mmcif.pdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx.dic/Items/_chem_comp_atom.atom_id.html]] [#pd2170b9]
 >An alternative identifier for the atom. This data item would be
 used in cases where alternative nomenclatures exist for labelling
 atoms in a group.
 
 ちなみに、_chem_comp_atom.atom_idは、PDB format Ver.3以降で使用されている原子名, alt_atom_idはPDB format Ver. 2.3以前で使用されていた原子名である。