* XIA2 -- 自動データ処理プログラム [#fac55d00]
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|~最新版|0.3.0.6 / 2009年10月15日 |
|~対応OS|Linux, MacOS, Microsoft Windows|
|~種別 |Automated data reduction |
|~公式サイト|[[http://www.ccp4.ac.uk/xia/]]|
|~公式サイト|http://www.ccp4.ac.uk/xia/|
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** 概要 [#h61c0bc2]
XIA2は自動でデータ処理を行ってくれるプログラムです。XIA2のサイトによると、
>xia2 is a new automated data reduction system designed to work from raw diffraction data and a little metadata, and produce usefully reduced data in a form suitable for immediately starting phasing and structure solution, e.g. through Mr BUMP or your favourite experimental phasing suite.
&br;
The following steps are performed (although not strictly in this order)~
1. Integration with feedback and complex lattice selection stuff~
2. Reindexing to standard setting for spacegroup (e.g. P 2 21 21 to P 21 21 2)~
3. Scaling together of all data to maximise anomalous signal~
4. Estimation of number of molecules in ASU and solvent fraction based on sequence information (if provided)~
There is a lot of fun stuff which goes on in there - run it to find out more...
だそうです。
** 大きな変更点 [#j0183782]
- ''Ver.0.3.0.3'' -- 2009-09-01
-- ライブラリを同梱せず、CCP4付属のCCTBXを使うようになりました。環境によっては[[CCTBX問題>CCP4/インストール#fcc993f9]]を解決しないと起動しないかも(Vine 5.0で発生)。問題のない環境の方が多い？
- ''Ver.0.3.0.0'' -- 2009-04-20
-- CPUの数に応じてMOSFLMの処理を並列で行うようになった
-- 2009年度版XDSに対応
*** 感想 [#a8eedfd4]
とにかく簡単です。ドキュメントもインプットファイルの例が載せてあるだけで、不親切だな〜、と思いましたが、それだけの説明で十分使えました。~
今回はたまたま人に渡されたデータセットだったのですが、実際の回折イメージを一度も見ていません(^^;。それでもあっさり空間群が決定され、最後まで処理されてしまいました。うーん、こんなに楽でいいんだろうか、って感じです。もちろんデータの質にもよるとは思いますが。~
すごい時代になりましたね。分子置換ならMrBUMPとかBALBESと併せて使えば何もすることがないんじゃないでしょうか・・・
- ''私が解けた実績'' (FULLは分解能自動決定)
-- PF-AR NW12A 分解能2.9Å 分子置換(XIA2/XDS(FULL) 0.3.0.0 -> BALBES 1.0.0)
-- PF-AR NW12A 分解能2.9Å SeMet 3波長MAD(XIA2/MOSFLM(FULL) 0.3.0.6 -> SOLVE/RESOLVE(PHENIX 1.5-2))
*** CCP4 6.1.2 -- 2009-11-13 [#bde219c5]
最近使ってみて気づいたのですが、私の環境Vine Linux 5.0ではCCP4 6.1.2に同梱されているXIA2 0.2.7.2はPythonのバージョンの関係で(?)動作しませんでした(Vineだけかもしれません)。CCTBX問題を解決して無事に0.3.0.6が起動しました(^^)。
** 関連ページ [#u66001ad]
- [[インストール>XIA2/インストール]]
- XIA2を使ってみよう
