各種プログラム使用方法
* Webサービスを使いこなす [#p7a0c50d]
そんなわけで、構造解析を行うためにはWebサービスやデータベースを使いこなすのが勝利への一歩となる気がします。~
もちろんPDBも立派な（立派すぎる？）データベースです。その他、使いこなしたいデータベースやWebサービスがいろいろあるので検証してみたいと思います。でも、私自身、あまり使ったことないんですが・・・&huh;
** 思いついたところ・・・ [#mfe407e6]
- PDB -- Protein Data Bank
-- PDB Web Services -- PDBのWebサービスクライアント for Javaを使ってみました
-- RSCB PDB -- http://www.pdb.org/
-- PDBj(日本) -- http://www.pdbj.org/
-- PDB-EBI(PDBe;欧州) -- http://www.ebi.ac.uk/msd/
-- PDB総本山(仕様書、アーカイブなどがある) -- http://www.wwpdb.org/
- FASTA
- BLAST
-- ホモロジーモデルの検索。PSI(Position Specific Interative)-BLAST、PHI(Pattern Hit Initiated)-BLASTもある
- Dali Server -- http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali_server/
-- 基になる構造とPDBに登録されている構造情報を比較して似ているものを出力
- DaliLite -- http://www.ebi.ac.uk/DaliLite/
-- 対構造比較による機能予測
- FUGUE -- http://tardis.nibio.go.jp/fugue/prfsearch.html
-- 3D-1D法による構造予測
- PRODRG(Dundee) -- http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/prodrg/
-- PDBから各種プログラムのトポロジーファイルを作成してくれます
- HIC-Up(Uppsala) -- http://xray.bmc.uu.se/hicup/
-- PDBの化合物情報を検索します
- MATRAS(奈良先端) -- http://biunit.naist.jp/matras/index-j.html
-- 立体構造比較サーバ
- CASTp(University of Illinois) -- http://sts.bioengr.uic.edu/castp/
-- ポケットの体積などを計算する
- CAZy -- http://www.cazy.org/
-- Carbohydrate-Active enZYmesデータベース
