構造解析プログラム一覧
* SORTWATER -- CCP4 supported program [#a6d51d94]
* SORTWATER -- CCP4 supported program [#u3aac6fb]
* SORTWATER -- CCP4 supported program [#c5a11a8e]
水分子のChain IDを近接する分子毎に振り分けるためのプログラムです。
** 解説 [#jea2953a]
** 解説 [#ca76e6d9]
** 解説 [#j6487f6f]
PDBのAnnotation policy 2.5 (2011年11月)によると水分子などは近接するChain IDに割り当てられるとなっています。
水分子以外のリガンドなどはさほど難しくないと思いますが、水分子の場合は数が多くなるため割り当てが大変です。
その場合に使うとよさそうなプログラムです。
- 当該セクション - http://www.wwpdb.org/procedure.html#toc_4
** 使い方 [#f8e13d6a]
** 使い方 [#o82e83f7]
** 使い方 [#gcd4af87]
CCP4iのGUI(CCP4 6.2.0時点)は対応してないようなのでコマンドラインで行います。~
例えば以下のようなスクリプトを作成し実行するといいでしょう(オリジナルドキュメントの例を改変)。
:sortwater.sh|
#!/bin/sh
# Simple Example for SORTWATER
# ASSIGN WATERS TO PROTEIN CHAINS
sortwater XYZIN original.pdb XYZOUT original_sorted.pdb <<EOS
CHAINS A B C D
WCHAINS A B C D
SYMMETRY P21
EOS
この場合だと、タンパク分子A, B, C, Dに近接する水分子がそれぞれA, B, C, DのChain IDを
割り当てられます。~
CHAINSとWCHAINSのChain IDの数は一致させるようにします。~
例えば''WCHAINS''を''E F G H''とするとAに近接する水分子はE, BはFというようになるはずです。
** パラメータ [#fe84e4f7]
** パラメータ [#f118c0d3]
** パラメータ [#d9fec138]
|パラメータ名 |意味|h
|~CHAINS '''タンパク分子のChain ID''' |タンパク分子のChain ID(スペース区切り)|
|~WCHAINS '''割り当てるChain ID''' |割り当てに対応するChain ID|
|~SYMMETRY '''空間群名''' or '''空間群番号'''|空間群名または番号|
|~WATER '''水分子名(通常HOH)''' ['''水原子名(通常O)''']|水分子の残基名および原子名|
|~CARBON '''Yes''' or '''No''' |Yes:非炭素原子のみを近接チェックの対象とする&br;No:全ての原子を対象とする|
|~DISTANCE ['''maximum_similarity_distance'''] ['''maximum_distance_from_protein''']|Maximum distance between putative NCS-related waters to accept [default 2.0]&br;maximum distance from non-water atom to accept as belonging to chain [default 6.0]. |
|~NCS |NCS操作の定義。Chainを発生させる時用？|
|~VERBOSE |冗長出力モード|
** 注意 [#z9a1537e]
これがPDB Depositionの際に割り振られるChain IDとどのぐらい互換があるかはよく分かりませんので、水分子を論文中などで議論する場合は
登録時にちゃんと確認した方がよさそうです。
** 参考サイト [#pda233e3]
- SORTWATER - http://www.ccp4.ac.uk/html/sortwater.html
- PDB講習会 in 京都(2008-11-27) - http://www.pdbj.org/workshop/20081127/20-3-2.pdf
