PyMOL/インストール
#floatcontents
* Ver.1.3以前のバージョンの取得方法 [#pf3e3d61]
古いバージョンが必要な方のために、1.3以前のソースコードの入手方法を残しておきます。~
バージョン管理システムからソースコードを取得します。慣れない人はここからいきなり敷居が高いです&huh;。~
取得方法は、
+ Webブラウザで取得する(かんたん)
+ バージョン管理システムSubversionで取得(慣れてたら楽)
がありますので、それぞれについて解説します。
** Webブラウザで取得する [#x28b85f6]
最近気づいたのですが、Webブラウザでtarアーカイブをダウンロードできるようになっています。PyMOLはSourceForgeというオープンソースソフトウェア支援サービスでホストされていますが、そのサーバがもっている機能でダウンロード可能です。2010年08月時点でのリリース最新版1.3r1のディレクトリは以下のリンクでジャンプ可能です。ただし、PyMOLは常にアップデートを繰り返しているので、どれがリリース最新版かというとなかなか決められないのですが・・・
- PyMOL Rev.3913(1.3r1) -- http://pymol.svn.sourceforge.net/viewvc/pymol/trunk/?pathrev=3913
ここの''Download GNU tarball''をクリックすることでtarアーカイブをダウンロードすることができます。アーカイブを取得したらビルドに進みます。~
その他の特定のリビジョンを取得したい場合は''Sticky Revision''に取得したいリビジョン番号を指定すればそのリビジョンにジャンプします。リビジョン管理については次のセクションのSubversionで取得を参考にしてください。
~
リポジトリのリビジョン一覧は以下のURLで確認可能です。
- PyMOL Log of trunk -- http://pymol.svn.sourceforge.net/viewvc/pymol/trunk/?view=log
:参考|
現時点での最新版を示すtrunkへは以下のリンクでジャンプできます。
- PyMOLのTrunk -- http://pymol.svn.sourceforge.net/viewvc/pymol/trunk/
** Subversionで取得する [#u9728a7e]
バージョン管理システムのSubversionを使います。Subversionとはソースコードレベルでのバージョン管理を行うためのプログラムでチームでの開発に主に使われています。Vine4ではaptでCentOS5ではyumで''subversion''パッケージをインストールすることで使用可能になります。
# apt-get install subversion <-- Vineの場合
# yum install subversion <-- CentOSの場合
*** ソースコードを取得する [#kbe82d99]
PyMOLはブランチ付け(リリース番号などで分けること)が結構適当なので、リリース版などがブランチされていない場合があり、特定のリビジョンを指定してダウンロードしなければなりません。リビジョンとバージョンの関係は以下の通りです。
|リビジョン|タグ／ブランチ |バージョン|確認 |h
|3913 |CENTER:- |1.3r1 |2010-08-27|
|3866 |CENTER:- |1.2r2 |2009-10-15|
|3827 |CENTER:- |1.2r1 |2009-07-24|
| |branches/b11/pymol|1.1 | |
|3143 |CENTER:- |1.1 beta-3| |
| |tags/1.0r2/pymol |1.0r2 | |
リビジョンとバージョンの関係は正確ではないと思われますので、最新版を落としてもいいような気もします。私は不安定だとイヤなのでバージョンの付いたリビジョンを落とすようにしています。
任意のリビジョンを取得するには以下のコマンドです。
> svn -r '''RevNo''' export https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol '''toDirectory'''
'''RevNo'''は取得するリビジョン番号(例えば3827)、'''toDirectory'''はダウンロードするディレクトリです。'''toDirectory'''にpymol-1.2r1と指定するとカレントディレクトリにpymol-1.2r1を作成してその下にダウンロードします。ここでは1.2 release-1(rev.3827)を取得します。
% svn -r 3827 export https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-1.2r1
取得したらビルドします。
また、各リビジョンのコメントを確認するにはlogコマンドを使用します。--limitオプションを付けることで最大表示数を指定できます。
% svn log --limit 10 https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk/pymol
------------------------------------------------------------------------
r3917 | inchoate | 2010-08-25 03:31:16 +0900 (水, 25 8月 2010) | 1 line
Fixed the name confusion w/fofc and 2fofc maps. Also improved the map names when saved.
------------------------------------------------------------------------
r3916 | inchoate | 2010-08-13 00:40:56 +0900 (金, 13 8月 2010) | 1 line
added visibility flag for measurement wizard
...
こんな感じで内容を確認できます。
*** ブランチからソースコードの取得 [#x5289faa]
通常Subversionでリリースする場合、ブランチから取得できるものなので、過去のPyMOLはリリース番号などを使って取得することもできます。その方法も記録として残しておきます。
% svn export https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/tags/1.0r2/pymol pymol-1.0r2
このコマンドで現在のディレクトリにpymol-1.0r2が作成されソースファイルがダウンロードされます。また必要になったときにわざわざSubversionで取得しなくてもいいようにtarでまとめておきます。
% tar zcvf pymol-1.0r2.tar.gz ./pymol-1.0r2
通常、リリースバージョンはbranchesやtags以下で管理されており、tags以下の内容を確認することで取得できるバージョンが確認できます。ディレクトリ内容の取得は以下のコマンドで行います。
% svn ls https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/tags
Linuxコマンドのlsと似た感じです。オープンソースのプログラムは以前はCVSで管理されていましたが、最近Subversionが使用されることが多くなってきていますので使い方を覚えておけば役に立つかもしれません。
:参考|
- Ver.1.1
svn export https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/branches/b11/pymol pymol-1.1
