構造解析プログラム一覧
* PDBCUR -- CCP4 supported program [#cde26450]
PDBファイルの情報操作、統計などを行う。Culation toolと呼ぶらしい。~
このページではPDBCURでのAtom selectionについてメモします。
** 原子選択構文 -- Atom selection syntax [#d1479e03]
原子を選択する際に使う構文。NCONTでも使用されます。私はNCONTで使う機会の方が多いですが・・・
:例|
> /''mdl''/''chn''/''s1.i1-s2.i2''/''at[el]:aloc''
または
> /''mdl''/''chn''/''*(res).ic''/''at[el]:aloc''
構文中にスペースは入れられません。スラッシュはモデル、チェーン、残基、原子の階層を区切っています。つまり・・・
> /''モデル''/''チェーン''/''残基''/''原子''
となってるわけですね。
:解説|
|識別子|内容|ディフォルト|例|h
|~mdl |モデル番号|*|*|
|~chn |チェーンIDまたはIDのリスト|*|A,B,C|
|~s1,s2|対象となる残基番号の範囲|*||
|~i1,i2|挿入コード(Insertion code;iCode)|*|*|
|~res |残基名またはリスト|*|ALA,SER|
|~at |原子名またはリスト|*|CA,N1,O|
|~el |原子種名またはリスト|*|C,N,O|
|~aloc |オルタネイティブ指示子(altLoc)名またはリスト|注１|A,B,C|
|>|>|>|注１：原子名または原子種を指定したときは""。それ以外は*&br;''なお、iCodeおよびaltLocに""を指定した場合はiCode,altLocを持つレコードはスキップされるので注意！''|
:例|
PDBCURのドキュメントに以下の例文がありました。参考までに載せておきます。
>
|例文 |内容|h
|* |select all atoms|
|/1 |select all atoms in model 1|
|A,B |select all atoms in chains A and B in all models|
|/1// |select all atoms in chain without chainID in model 1|
|/*/,A,B/ |select all atoms in chain without chainID, chain A and B in all models|
|33-120 |select all atoms in residues 33. to 120. in all chains and models|
|A/33.A-120.B |select all atoms in residues 33.A to 120.B in chain A only, in all models|
|A/33.-120.A/[C] |select all carbons in residues 33. to 120.A in chain A, in all models|
|CA[C] |select all C-alphas in all models/chains/residues|
|A//[C] |select all carbons in chain A, in all models|
|(!ALA,SER) |select all atoms in any residues but ALA and SER, in all models/chains|
|/1/A/(GLU)/CA[C] |select all C-alphas in GLU residues of chain A, model 1|
|/1/A/*(GLU)./CA[C}:|same as above|
|[C]:,A |select all carbons without alternative location indicator and carbons in alternate location A|
