構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
* MrBUMP -- &color(red){Vine 4}; [#t9b5fc36]
- &color(red){CCP4 6.1.0から標準でインストールされるようになりました。};
- CCP4 ver.6.1以降にはバンドル予定のMrBUMPをインストールしてみました。これは分子置換と精密化を行ってくれるプログラムだそうで、ちょっと使ってみたところMOLREPとREFMACを使うようです。
** 準備 [#f123dd5f]
外部プログラムを使うので少なくとも以下のものが必要になります。
- CCP4 v6.0以降
- ClustalW -- [[インストール方法>ClustalW/インストール]]
- FASTA(v34) -- [[インストール方法>FASTA/インストール]]
- Graphviz -- aptでインストール
CCP4 6.0.2をインストールしていると使用しているPythonが古いことがあります(ccp4mgを使用している場合)。~
確認方法は、
% which python
/usr/local/ccp4/ccp4mg-1.1.1/bin/python
なら古いバージョンです。/usr/bin/pythonなら大丈夫だと思います。
#br
古い場合は.cshrcの
source /usr/local/ccp4/setup-scripts/csh/ccp4-others.setup
の行に#を追加してコメントアウトしてください。
** インストール [#u01274db]
ファイルを取得してインストールします。
% tar zxvf mrbump-0.4.2.tar.gz
% cd mrbump-0.4.2
# python setup.py
成功するとCCP4iでインストールしろ、というようなメッセージが出力されて終了します。~
インストールが成功したら[[ARP/wARP>ARP_wARP/インストール]]の'''CCP4iへのインストール'''を参考にしてプログラムを登録してください。なお、この時にインストールするファイル名は'''/usr/local/ccp4/ccp4-6.0.2/ccp4i/MrBUMP-ccp4i.tar.gz'''です。
** 注意点 [#v7e3d339]
このプログラムはPythonを使っているために上記のccp4mgとの相性問題が発生します。とりあえずはccp4-others.setupをコメントアウトして使っていますが、また解決方法は考えます。CCP4にバンドルされればなんらかの修正が入るかもしれませんね。~
FASTAはv34じゃないとダメみたいです。はじめにfasta35にfasta34っていう名前のリンクでごまかしてみましたが、Template model searchの時にエラーが出てFALIEDになりました。ちゃんとfasta34を使用すればOK。
:2012-11-28追記|
当時のバージョンではFASTA34固定でしたが、CCP4-6.3.0に収録されているバージョンではFASTA v34, v35, v36が利用可能なようです(sugargrooveさんありがとうございます)。
