* MrBUMP -- 自動分子置換プログラム [#z22a0db1]
** 概要 [#rcdf1d4c]
次期CCP4パッケージにも採用されるというプログラムです。MrBUMPサイトによると、
> Mr Bump is an automated scheme for Molecular Replacement. Given a target sequence and experimental structure factors, it will search for homologous structures, create a set of suitable search models from the template structures, do molecular replacement, and test the solutions with some rounds of restrained refinement.~
The scheme has the potential to be highly parallel, searching over many homologues, derived models and MR techniques. Currently it runs in two modes:~
1. Desktop: the scheme is streamlined for one node~
2. Cluster: jobs are distributed over available nodes~
Mr Bump uses existing programs for the various steps. MR itself is done using Molrep or Phaser. The CCP4 suite is widely used for various steps. It also uses bioinformatics programs such as Fasta, MAFFT and ClustalW, and services provided by the European Bioinformatics Institute.
とのこと。~
** 使ってみた [#abe0cec3]
新しい物好きとしては使わない訳にはいかない、ということでちょうどデータがあったので使ってみました。~
まだ軽くしか使っていませんが(ごめんなさいまだ解けてないんです・・・)、たくさんのモデルを放りこんで、分子置換と精密化を行ってくれるようです。分子置換に使用するプログラムはMolrepまたはPhaserです。精密化はREFMACを使用します。その他、シーケンスアライメントを行うのでClustalW(他のプログラムも使用可能)など、いろいろなプログラムを使用します。~
そのため、新規のアルゴリズムを開発したというよりは分子置換の自動化を進めたという、まさに最近の構造解析のトレンドの実装というところでしょうか。~
CCP4のサイトを見るとXIA2というautomated data reductionなプログラムもパッケージに採用されるとのことなのでこれからも自動化は進んでいきそうです。-- 2008/05/23
** 関連ページ [#n99992d3]
- [[インストール>MrBUMP/インストール]]
