構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
#floatcontents
* MOLSCRIPT -- &color(red){Vine 4};, &color(blue){Vine 3};, &color(green){CentOS 5}; [#m8915adb]
- http://www.avatar.se/molscript/ -- 2008年4月現在復活してました
** GL対応版をビルドする [#e3b0c359]
MOLSCRIPTをGLオプション付きでコンパイルしてみましょう。GLオプションをつけると、出力する前に視点や拡大率を確認することができます。いろいろライブラリが必要なのでそちらの準備も必要です。~
最近は、ほとんどの構造解析プログラムがあっさりインストールできるようになりましたが、GL対応MOLSCRIPTのインストールは相変わらず敷居が高いようです。以前Vine 3.2用に作成したときとインクルードファイルの格納場所を変更しましたが、今回作成したRPMファイルによりVine 3.2,4.0両環境に対応しました(たぶん)。今回確認したところCentOS 5でも問題ないようです。
** ライブラリのインストール [#r227ede2]
*** aptでのインストール -- &color(red){Vine 4};, &color(blue){Vine 3.2}; [#l022257b]
aptでいろいろインストールします。
- libjpeg-devel
- libpng-devel (zlib-develも入る)
- ''XOrg-gl-devel''
- glut-devel
#br
- gd-devel -- &color(red){''Vine 4のみ。3.2ではソースからインストールします(後述)''};
*** yumでのインストール -- &color(green){CentOS 5}; [#pc438ee4]
*** yum/aptでのインストール -- &CentOS5; &Vine5;[#pc438ee4]
VineのXOrg-gl-develがlibXmuとlibXextに置き換わっています。
- libjpeg-devel
- libpng-devel
- glut-devel
- gd-devel
- ''libXmu-devel''
- ''libXext-devel''
*** glut-headersのインストール [#t1a0cb60]
GL版MOLSCRIPTのコンパイルにはGLUTのヘッダ(glutbitmap.h)が必要なのですが、Vine、CentOS共にglut-develのrpmでは/usr/include/GL以下に必要なヘッダファイルがコピーされません。それらのファイルをコピーするように修正したrpmを使ってインストールします。
- &ref(glut-headers-3.7-0.noarch.rpm);
# rpm -ivh glut-headers-3.7-0.noarch.rpm
インストールすることにより/usr/include/GL/glut以下にヘッダファイルがコピーされます。
*** &color(red){Vine 3.2のみ}; -- GDライブラリをインストール [#s0506587]
aptでインストールされるGDライブラリはバージョンが古く(2.0.27)、gif関係の関数がない、とエラーが出てMOLSCRIPTのコンパイルに失敗するので、最新の2.0.33をインストールします。aptでGDライブラリをインストールしている場合はアンインストールします。
% tar zxvf gd-2.0.33.tar.gz
% cd gd-2.0.33
% ./configure
% make
# make install
これで/usr/local以下にインストールされるので、/etc/ld.so.confに/usr/local/libを追加してキャッシュを更新します。
:/etc/ld.so.conf|
/usr/local/lib
/usr/X11R6/lib
/usr/lib
修正した後にキャッシュを更新して確認します。
# ldconfig
# ldconfig -v | grep libgd
libgd.so.2 -> libgd.so.2.0.0
このようにlibgdが認識されていればOK。~
以上で準備は完了です。MOLSCRIPTをインストールしましょう。
** MOLSCRIPT本体のインストール [#mf463d92]
オリジナルのMOLSCRIPTのままではファイル配置と合わないので一部修正したパッチを当てます。
パッチを当てた後ならすんなりコンパイルできるはずです。~
- パッチの適用箇所
-- Makefile.complete -- スタティックリンクにしている部分をダイナミックリンクに変更
-- clib/ogl_bitmap_character.c -- #includeのパスを変更
- パッチファイル
-- &ref(molscript-vl32and40.patch); -- Vine 3.2, 4, CentOS 5共通
コンパイル作業は/usr/local/src以下で行いました。
# cd /usr/local/src
# tar zxvf molscript-2.1.2.tar.gz
# patch -p0 < molscript-vl32and40.patch
# cd molscript-2.1.2
# cp Makefile.complete Makefile
# make
でコンパイル完了。後は環境に合わせてmolscript,molautoをコピーするかシンボリックリンクを張ればOK。/usr/local/bin以下に作成するのがいいでしょう。
# ln -s /usr/local/src/molscript-2.1.2/molscript /usr/local/bin/molscript
# ln -s /usr/local/src/molscript-2.1.2/molauto /usr/local/bin/molauto
** マニア用保管庫 [#a60fcb47]
用意したRPMファイルを作成したときに作成したSRPMやSPECファイルです。興味のある方はどうぞ。
*** glut-headersのSRPMファイル [#teb79bae]
- &ref(glut-headers-3.7-0.src.rpm);
- &ref(glut-headers.spec); -- SPECファイル
*** Vine 3.2用の古いRPMファイル [#id0647e4]
ファイル構成が違います。マニア以外使用禁止！！
- &ref(glut-devel-3.7-8vl5nob.i386.rpm);
- &ref(glut.spec); -- SPECファイル
- &ref(molscript-vl32.patch);
