MAKECIF

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 構造解析プログラム一覧
 * MAKECIF -- CCP4 supported program [#p40ede82]
 PDBファイルを元にしてCIFファイルを作成します。
 PDBファイルを元にしてCIFファイルを作成します。~
 ここで作成したCIFファイルはリストレイン情報、結合情報も含むのでREFMACなどで使用することができるようです。
 
 ** 使い方 [#u28eba35]
 インタラクティブに動作するプログラムのようです。
  
    --- MAKECIF --- /Vers 5.5.1   ; 12.07.2006/
  
    Do you want to have FILE-DOCUMENT /makecif.doc/ ? /<N>/Y/A :
      N - means without DOC-file
      Y - with new contents
      A - means to keep old contents and add new information
          with DOC-file program creates batch file: makecif.bat
   _DOC:             <-- (Enter)
   #   input-coord-file
   FILE_C:TRE.pdb    <-- PDBファイルを指定
  ..(省略)..
 
 ** 出力ファイル [#db808bc2]
 オプションを変更しなければ、5つのファイルが出力されました。
 - new.lib -- 原子座標、リストレイン、構造情報を含んだCIFファイル
 - new.crd -- 原子座標
 - new.lib -- 原子座標、リストレイン、構造情報を含んだCIFファイル
 - new.rst -- リストレイン
 - new.str -- 構造情報
 - new.str -- 結合情報
 - new_TRE.ps -- 詳細情報
 
 ライブラリとして利用するCIFファイルはnew.libになります。~
 読み込ませたPDBファイル中の化合物名(ここではTRE)がCCP4のモノマーライブラリに存在しているとき、new.libおよびnew_TRE.psは作成されません。
 読み込ませたPDBファイル中の化合物名(ここではTRE)がCCP4のモノマーライブラリに存在しているとき、new.libおよびnew_TRE.psは作成されないようです。
 
 ** 単純なバッチファイル [#u323b35a]
 コマンドラインでファイル名を指定したい場合、以下のようなスクリプトがいいかもしれません。
  #!/bin/sh
  if [ ! "$1" ]; then echo "Usage: makecif.com PDB-file"; exit 1; fi
  if [ ! -f $1 ]; then echo "Please specify PDB-file"; exit 2; fi
  makecif <<EOS
  
  $1
  
  EOS
 これにmakecif.shとでも名前を付けて実行属性を付ければ、
  % makecif.sh TRE.pdb
 で実行可能です。
 
 ** 関連ページ [#bf97e613]
 - [[COOTクックブック よく使う化合物をモノマーライブラリに登録したい>COOTを使ってみよう/クックブック#m0db4819]]
 
 ** 外部サイト [#v5962e14]
 - MAKECIF -- http://www.ysbl.york.ac.uk/~alexei/makecif.html