構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
LIGPLOTを使ってみよう
#floatcontents
* LIGPLOTのインストール &Vine4;&Vine5; [#v597d39f]
** ソースファイルの取得 [#q1dd2a6f]
このご時世に珍しく入手はめんどくさいです(--;。~
取得可能になるまで10日前後かかりますので余裕を持った方がいいでしょう。
#br
取得できるファイルは、
- HBPLUSソースファイル
- LigEdバイナリ(Javaのクラスみたいですね)
- LIGPLOTのソースファイルおよびWindowsバイナリ
- LIGPLOTマニュアル
になります。
*** 機密保持契約の送付 [#m082e74a]
[[LIGPLOTのページ>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/ligplot/ligplot.html]]に行き、そこから[[Confidentiality Agreement>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/ligplot/confid.txt]]を取得します。このテキストファイルを印刷し、名前などを書いてFAXで送信します。印刷様式に特に指定はないと思いますが、あまり多くても何なので私は2ページに収まるように印刷しました(念のため全部)。
*** 記述内容 [#xfe09c91]
- 初めの部分、''In regard to the LIGPLOT...''には利用者の''名前''を書きます(Dobuo BIODAなど)。
- ''3. Research shall take place...''には''組織名''を書きます(RIKEN, Harimaなど)。
- ''For and on behalf of''には''サインと日付''を入れます。
- ''e-mail address''には''メールアドレス''を書きます。
&color(red){ここで記述したメールアドレスにファイル取得の情報が届きますので、ハッキリと記述して下さい。};~
記述したら契約書中に書かれている番号あてにFAXを送信します(当然ですが送信先は英国になります)。私はファインモードで送りましたが問題なかったようです。
*** ファイルの取得 [#be8af759]
作者の状況にもよると思いますが私の場合は送付してから10日ぐらいで''LIGPLOT''というタイトルのメールが届きました。~
メールの中には取得方法とパスワードが書かれていますのでそれに従って取得します。最低限HBPLUSとLIGPLOTのソースファイルが必要になります。
** インストール [#b6151a85]
インストールはさほど難しくありません。取得時期によってバージョンが異なると思いますが、機能は基本的には同じだと思います(2009年7月12日時点で4.5.3でした)。
*** HBPLUS [#cec59a44]
LIGPLOTを使用する際に必要なプログラムです。/usr/local/srcの下にインストールしました。
# cd /usr/local/src
# tar zxvf hbplus.tar.gz
# cd hbplus
# make
で''hbplus''というファイルが作成されます。
*** LIGPLOT本体 [#t38715af]
本体は少しだけめんどくさいです。
# cd /usr/local/src
# tar zxvf ligplot.tar.gz
# mv source ligplot
# cd ligplot
# cc -o ligplot ligplot.c -lm
/tmp/ccf76XZK.o(.text+0xdcff): In function `lig_search':
: warning: the `gets' function is dangerous and should not be used.
# cc -o hbadd hbadd.c -lm
# cc -o dimer dimer.c
ligplotコンパイル時の警告は無視しても問題ありません。コンパイラのバージョンによっては出ない場合もあると思います。
*** モノマー分子の定義ファイル [#m7f14cca]
HBPLUS用インプットファイルを作成するプログラムHBADDが使用するHETATM用ファイルが必要なので取得します。テキストファイルかCIFで取得可能です。最近(2011年8月)のmmCIFファイル(Chemical Component Dictionary)では警告(たぶんフォーマットが対応していない)が出るので、Het Group Dictionaryを取得します。
- Het Group Dictionary -- http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt -- 更新が2008年10月27日 08:03:19っていうのがちょっとアレですが
- Het Group Dictionary -- http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt -- 更新日が2008年10月27日で少し古いですが
# cd /usr/local/src/ligplot
# wget http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt
スクリプトファイルligplot.scrはmmCIFを使うようになっているのでhet_dictionary.txtを使うように変更します。
:/usr/local/src/ligplot/ligplot.scr|
47 # Set the name of the Het Groups Dictionary, available from the PDB as
48 # http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt or, the CIF-format version
49 # (preferred) as
50 # http://pdb.rutgers.edu/public-component-erf.cif (rename as components.cif)
51 # set hetdic = $ligdir'/het_dictionary.txt'
52 set hetdic = $ligdir'/components.cif'
ここで52行目をコメントアウトして51行目を有効にします。
51 set hetdic = $ligdir'/het_dictionary.txt'
52 #set hetdic = $ligdir'/components.cif'
*** 環境設定 [#ad9d4deb]
LIGPLOTを使うための設定を.cshrcに記述します。
:.cshrc|
# for LIGPLOT
setenv ligdir /usr/local/src/ligplot
alias ligplot ${ligdir}/ligplot.scr
alias ligonly ${ligdir}/ligonly.scr
alias dimplot ${ligdir}/dimplot.scr
alias dimonly ${ligdir}/dimonly.scr
# for HBPLUS
setenv hbdir /usr/local/src/hbplus
alias hbplus ${hbdir}/hbplus
以上です。
** 関連ページ [#k974e278]
- LIGPLOTを使ってみよう