構造解析ことはじめ/03 プログラムのインストール
 LIGPLOTを使ってみよう
 #floatcontents
 * LIGPLOTのインストール &Vine4;&Vine5; [#v597d39f]
 ** ソースファイルの取得 [#q1dd2a6f]
 このご時世に珍しく入手はめんどくさいです(--;。~
 取得可能になるまで10日前後かかりますので余裕を持った方がいいでしょう。
 #br
 取得できるファイルは、
 - HBPLUSソースファイル
 - LigEdバイナリ(Javaのクラスみたいですね)
 - LIGPLOTのソースファイルおよびWindowsバイナリ
 - LIGPLOTマニュアル
 
 になります。
 
 *** 機密保持契約の送付 [#m082e74a]
 [[LIGPLOTのページ>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/ligplot/ligplot.html]]に行き、そこから[[Confidentiality Agreement>http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/ligplot/confid.txt]]を取得します。このテキストファイルを印刷し、名前などを書いてFAXで送信します。印刷様式に特に指定はないと思いますが、あまり多くても何なので私は2ページに収まるように印刷しました(念のため全部)。
 
 *** 記述内容 [#xfe09c91]
 - 初めの部分、''In regard to the LIGPLOT...''には利用者の''名前''を書きます(Dobuo BIODAなど)。
 - ''3. Research shall take place...''には''組織名''を書きます(RIKEN, Harimaなど)。
 - ''For and on behalf of''には''サインと日付''を入れます。
 - ''e-mail address''には''メールアドレス''を書きます。
 
 &color(red){ここで記述したメールアドレスにファイル取得の情報が届きますので、ハッキリと記述して下さい。};~
 記述したら契約書中に書かれている番号あてにFAXを送信します(当然ですが送信先は英国になります)。私はファインモードで送りましたが問題なかったようです。
 
 *** ファイルの取得 [#be8af759]
 作者の状況にもよると思いますが私の場合は送付してから10日ぐらいで''LIGPLOT''というタイトルのメールが届きました。~
 メールの中には取得方法とパスワードが書かれていますのでそれに従って取得します。最低限HBPLUSとLIGPLOTのソースファイルが必要になります。
 
 ** インストール [#b6151a85]
 インストールはさほど難しくありません。取得時期によってバージョンが異なると思いますが、機能は基本的には同じだと思います(2009年7月12日時点で4.5.3でした)。
 
 *** HBPLUS [#cec59a44]
 LIGPLOTを使用する際に必要なプログラムです。/usr/local/srcの下にインストールしました。
  # cd /usr/local/src
  # tar zxvf hbplus.tar.gz
  # cd hbplus
  # make
 で''hbplus''というファイルが作成されます。
 
 *** LIGPLOT本体 [#t38715af]
 本体は少しだけめんどくさいです。
  # cd /usr/local/src
  # tar zxvf ligplot.tar.gz
  # mv source ligplot
  # cd ligplot
  # cc -o ligplot ligplot.c -lm
  /tmp/ccf76XZK.o(.text+0xdcff): In function `lig_search':
  : warning: the `gets' function is dangerous and should not be used.
  # cc -o hbadd hbadd.c -lm
  # cc -o dimer dimer.c
 ligplotコンパイル時の警告は無視しても問題ありません。コンパイラのバージョンによっては出ない場合もあると思います。
 
 *** モノマー分子の定義ファイル [#m7f14cca]
 HBPLUS用インプットファイルを作成するプログラムHBADDが使用するHETATM用ファイルが必要なので取得します。テキストファイルかCIFで取得可能です。最近(2011年8月)のmmCIFファイル(Chemical Component Dictionary)では警告(たぶんフォーマットが対応していない)が出るので、Het Group Dictionaryを取得します。
 - Het Group Dictionary -- http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt -- 更新が2008年10月27日 08:03:19っていうのがちょっとアレですが
 - Het Group Dictionary -- http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt -- 更新日が2008年10月27日で少し古いですが
 
  # cd /usr/local/src/ligplot
  # wget http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt
 スクリプトファイルligplot.scrはmmCIFを使うようになっているのでhet_dictionary.txtを使うように変更します。
 :/usr/local/src/ligplot/ligplot.scr|
  47 # Set the name of the Het Groups Dictionary, available from the PDB as
  48 # http://pdb.rutgers.edu/het_dictionary.txt or, the CIF-format version
  49 # (preferred) as
  50 # http://pdb.rutgers.edu/public-component-erf.cif (rename as components.cif)
  51 # set hetdic = $ligdir'/het_dictionary.txt'
  52 set hetdic = $ligdir'/components.cif'
 ここで52行目をコメントアウトして51行目を有効にします。
  51 set hetdic = $ligdir'/het_dictionary.txt'
  52 #set hetdic = $ligdir'/components.cif'
 
 *** 環境設定 [#ad9d4deb]
 LIGPLOTを使うための設定を.cshrcに記述します。
 :.cshrc|
  # for LIGPLOT
  setenv ligdir /usr/local/src/ligplot
  alias ligplot ${ligdir}/ligplot.scr
  alias ligonly ${ligdir}/ligonly.scr
  alias dimplot ${ligdir}/dimplot.scr
  alias dimonly ${ligdir}/dimonly.scr
  
  # for HBPLUS
  setenv hbdir /usr/local/src/hbplus
  alias hbplus ${hbdir}/hbplus
 
 以上です。
 
 ** 関連ページ [#k974e278]
 - LIGPLOTを使ってみよう