構造解析プログラム一覧
* LAFIRE [#c816276a]
#classdiv(spec)
|~最新版|2.61, 3.0a / 2008-12-31 |
|~対応OS|Linux, IRIX |
|~種別 |Automatic refinement|
|~公式サイト|[[北海道大学内>http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/Research/10_2.html]]|
#classdiv(end)
LAFIRE 2.6の日本語ドキュメントによると、
>プログラムLafire(Local-correlation-coefficient-based automatic fitting for refinement)は，初期モデル（断片的な部分モデルも可）から水分子を拾うまでの，タンパク質分子構造精密化の過程を全自動で行うためのソフトウエアーである。~
Lafireは、まず、アミノ酸配列ファイルに基づいて、初期モデルの配列を確認し、必要ならばアミノ酸の置換を行なう。精密化を含むサイクルに入ると、最初に、欠失部分或いは電子密度（初期位相から計算された電子密度、2Fo-Fc, Fo-Fc）と大きくずれている部分の構造の構築を行う。次に、モデルと電子密度の一致度を１残基ずつ計算し、一致していない残基のフィッティングを行う。Lafireでは精密化は既存のソフトCNS或いはREFMAC5を利用している。また、精密化のモニター用にRfree/R因子のファイル、モデルのRamachandranプロット用ファイルを出力する。これらはグラフィックスプログラムLafire_moleviewにより，簡単に可視化することができる。
とのことです。~
つまり自動精密化プログラムですね。
** 変更履歴 [#t3f95848]
*** 3.0a [#h9312527]
WinXP用パッケージが追加されています。
+ A GUI is provided for setuping the input file, monitoring the intermediate status and summarizing the result.
+ A procedure for fitting nucleic acid chain has been integrated.
アルファ版なので問題があれば連絡が欲しい、と書いてありました。
|>|Lafire GUI (Linux)|h
|&ref(lafire_init.png,center,nolink);|&ref(lafire_stat.png,center,nolink);|
*** 2.61 [#ta21626b]
これまでのバグフィックス。
** 関連ページ [#d771426c]
- [[インストール>LAFIRE/インストール]]
- 使い方
** 引用文献 [#y4ed2e82]
1. "LAFIRE: software for automating the refinement process of protein structure analysis".
YAO M., ZHOU Y., AND TANAKA I., Acta. Cryst., D62, 189-196
2. "New algorithm for protein model building: extending partial model in map segment".
ZHOU Y., YAO M., AND TANAKA I., J. Appl. Cryst., 39, 57-63
** 外部リンク [#o49d7d52]
- ダウンロードサイト -- http://altair.sci.hokudai.ac.jp/g6/Research/10_2.html
** ディスカッション [#l3e2b4c2]
#comment
