ClustalW

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 構造解析プログラム一覧
 * ClustalW [#hd244d1c]
 [[EMBL-EBI>http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html]]のページによると、
 >ClustalW2 is a general purpose multiple sequence alignment program for DNA or proteins. It produces biologically meaningful multiple sequence alignments of divergent sequences. It calculates the best match for the selected sequences, and lines them up so that the identities, similarities and differences can be seen. Evolutionary relationships can be seen via viewing Cladograms or Phylograms. 
 
 ってなことらしいです。
 
 - [[EMBL-EBI ClustalW2>http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html]]
 
 ** コマンドラインオプション [#u5144a4c]
 たくさんのパラメータ設定がありますが、基本的なものを。~
 この表ではパラメータ名は大文字にしてますが、小文字でもOKのようです。
 |パラメータ名             |説明|h
 |-INFILE='''ファイル名''' |読み込むシークエンスファイル|
 |-OUTFILE='''ファイル名'''|アライメント結果を書き出すファイル。&br;省略するとシークエンスファイルのファイル名+.aln|
 
 ** 使い方 [#yf1da4fa]
 簡単な使い方をメモしておきます。
 
 *** 入力用シークエンスファイル [#s5633796]
 こんな感じで。
  >SEQ1
  MIIGTYRLQLN...(適当に改行する)
  
  >SEQ2
  MISATYRLQLN...(適当に改行する)
 このようにして追加していけばOKです。
 
 *** 簡単なアライメント [#d8ae03e3]
  % clustalw2 -infile=sequences.txt -outfile=clustalw.aln
 これでclustalw.alnというファイルに出力されます。
 
 ** 関連ページ [#e785e662]
 - [[インストール>./インストール]]