BUCCANEER の変更点 - BioKids Wiki

追加された行はこの色です。
削除された行はこの色です。
BUCCANEER へ行く。
BUCCANEER の差分を削除
 構造解析プログラム一覧
 * BUCCANEER -- CCP4 [#qb71354a]
 #classdiv(spec)
 |~最新版|1.2 / 2008年8月20日    |
 |~最新版|1.5 / 2010年6月25日    |
 |~対応OS|Linux, MacOS, Windows|
 |~種別  |Model building                 |
 |~公式サイト|http://www.ysbl.york.ac.uk/~cowtan/buccaneer/buccaneer.html|
 #classdiv(end)
 
 低分解能およびノイズの多い電子密度データを元にしてモデル構築を行います。~
 精密化にはREFMACを使用しています。CCP4 6.1.0から標準パッケージに導入されました。
 大きな流れは以下のようなステップで行われます。
 
 + C&alpha;位置候補の探索
 + フラグメント位置にC&alpha;鎖をのばす
 + 配列の割り当て
 + 接触しているフラグメントの削除
 + 再構築
 
 これらの手順を標準的には3サイクル行うようです(設定で変更可能)。
 
 ** 使ってみた -- 2009-04-16 [#qf8273d7]
 なかなか使う機会がなかったのですがようやく使ってみました。~
 位相決定は行わないので、Hendrickson-Lattman係数または、位相およびFOMが必要になります。通常は実験位相を用いるのかもしれませんが、分子置換で求めたPHWTを使うこともできます。今回は分子置換データの向上が目的だったのでPHWTを使ってみました。また必要であれば初期モデルや重原子位置を読み込ませることもできます。~
 使用方法は簡単で、現在のモデルを再構築するのか作り直すのかを選択するぐらいで、特に細かいパラメータをいじることなく実行することができました。3.2&Aring;分解能で450残基x2のモデルで30分ほどで計算が終わりました(Pentium Dual-Core 1.8GHz)。ざっと見たところARP/wARPよりもリーズナブルなトレースがされているような感じです(DUMMYだらけにならない&huh;)。まあ、ダメなデータはダメな気もしますが・・・~
 使い方は簡単なので試してみてはいかがでしょうか？
 #br
 XIA2、BALBES、BUCCANEERのプログラムを使えば構造解析全自動パイプラインはほぼ完成か？　いやはやすごい時代です。
 
 ** 関連ページ [#wb23a9d9]
 - インストール
 - 使い方
 
 ** 外部リンク [#s7b6697f]
 - 公式サイト -- http://www.ysbl.york.ac.uk/~cowtan/buccaneer/buccaneer.html
 - The "Buccaneer" protein model building software (CCP4 newsletter 44) -- http://www.ccp4.ac.uk/newsletters/newsletter44/articles/buccaneer.html