* 解析プログラムのトラブル [#i10ca0c2]
#floatcontents
プログラムを使用していたらなぜかうまく動かない、変なエラーが出る、そんなレシピを集めてみました。
* CCP4のプログラム [#w34909bf]
** MAPMASKでプログラムが落ちてしまった [#ff0366da]
ccpmapin - Map section > maxsec : change maxsec and recompile...
と表示された。
無理にマップのグリッド分解能を上げたためにおきたのですが、再コンパイルで何とかなるなら何とかしてみよう。
&color(red){と言う目的で始めて自分の環境では成功したが、やり方を忘れてしまった;-(というわけで以下、一般的な再コンパイルについて。};
*** くにをの知っている方法 -MTZDUMPの場合- [#n5a3a0a6]
+ ソースコードからちゃんと自分のシステム(PC)上でCCP4をビルド(コンパイル)した人限定
++ 最初はCCP4ディレクトリのソースコードのとこへ
$cd $CCP4/src/
++ 編集したいソースコードを編集する
++ 例えばmtzdumpだとしたらmtzdump.fを好いたように治します（セーブも忘れずに）
$cp mtzdump.f mtzdump.f_orig
$vi mtzdump.f
++ 出来たらコンパイルします
$make mtzdump
++ 終了！
*** MAPMASKのこと [#k9d680d9]
$su
#cd $CCP4/src/mapmask_/ マップマスクは大きいのでディレクトリがある！（通常はfoo.fのみ）
#cp mapmask.fh mapmask.fh_orig
#vi mapmask.fh
として件のMAXSEC parameterを書き換える（10倍くらいにしたかな・・・）。
#cd ../ (あるいは cd $CCP4/src/)
#make mapmask
とやれば完成（するはず）。
** NCSMASKが使えない [#c187cc42]
NCSMASKを実行したときにunable to open phase fileというエラーメッセージが出て、実行できない。~
これは、XtalViewのNCSMASKが使用されているためで、XtalViewよりもCCP4が優先されるようにすれば解決します。
私はとりあえずXtalViewのセットアップを.cshrcから外しました・・・
** NCONTでNO SOURCE ATOMS SELECTED [#l3ee2bb7]
#anno2(2010-11-26 : 追加)
:問題|NCONTで原子の指定が正しいはずなのにNO SOURCE ATOMS SELECTEDエラーが出る~
The program run with command: ncont XYZIN "foo.pdb" has failed with error message
NCONT: NO SOURCE ATOMS SELECTED
というエラー。
:解法|PDBSETを使って正しいフォーマットにします。
% pdbset xyzin refine.pdb xyzout refine_ccp4.pdb <<EOF
EOF
ELEMENTカラムを追加されたフォーマットへ変換してくれます。これでエラーが解消されるはずです。
* その他のプログラム [#nfc123c2]
** CNSのエラー [#f6d832c4]
*** CNSでよくわからないエラーが出た [#had8f452]
[[CNS Error Tips>CNS/CNS Error Tips]]を参考にしてください。
** SHELXLのエラー [#zc0edd35]
*** 異方性温度因子導入後のREFINEMENT UNSTABLE [#a726bfd7]
#anno2(2011-05-30：追加)
:問題|異方性温度因子を導入後、''REFINEMENT UNSTABLE''エラーが出て停止した。
:解法|側鎖を大幅に修正(向きを変えるなど)したときに出るようで、その修正した残基の温度因子をリセット(または削除)することで解消されるようです。
:参照|[[異方性温度因子導入後のモデル修正>SHELXLを使ってみよう#u7fad4b6]]
:参照|
- [[異方性温度因子導入後のモデル修正>SHELXLを使ってみよう#u7fad4b6]]
*** ARRAY B TOO SMALL FOR THIS PROBLEM [#z84069af]
#anno2(2011-05-30：追加)
:問題|精密化の最後にフルマトリクス精密化を行ったら、''ARRAY B TOO SMALL FOR THIS PROBLEM''エラーで停止した。
:解法|
このときは、配列の大きさが不足していますのでプログラム中のパラメータを修正して再コンパイルする必要があります。
:参照|[[フルマトリクス精密化時のエラー>SHELXL#i4a54361]]
:参照|
- [[フルマトリクス精密化時のエラー>SHELXL#i4a54361]]
** Jmolの分子が表示されない [#r64e7c4b]
*** 環境 [#dff892a3]
|~OS |Microsoft Windows XP SP3|
|~ブラウザ|Mozilla Firefox 3.0 |
|~Java |1.6.0 update 6 |
*** 現象 [#v1e1b686]
PDBに登録されている化合物を確認できるwwPDBのChemical Component Dictionary(http://remediation.wwpdb.org/downloads.html)でJmolの分子が表示されないことがあります。Internet Explorer 6およびFirefox2では再現しませんでした。~
Javaコンソールには以下のメッセージが表示されます。
FileManager.openFile(/data/A/ALA/ALA_ideal.pdb)
error opening http://remediation.wwpdb.org/data/A/ALA/ALA_ideal.pdb
java.security.AccessControlException: access denied (java.net.SocketPermission 128.6.225.12:80 connect,resolve)
openFile(/data/A/ALA/ALA_ideal.pdb) 0 ms
InterruptedException!
AccessContorlExceptionがスローされていて原因としてjava.net.SocketPermissionであると示されています。
*** 解決方法 [#q57a8fe2]
Firefox3でセキュリティポリシーがきつくなったのが原因な気がします。~
''C:\Program Files\Java\jre1.6.0_06\lib\security\java.policy''を修正することで解決しました。
grant {
...
permission java.net.SocketPermission "128.6.225.12", "connect"; <-- 追加
};
のようにgrantの中の最終行にSocketPermissionの行を追加した後、Firefoxを再起動したら利用できるようになりました。
