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* 分子置換の進め方 [#gdae179b]
#anno1(2011-12-01 Start!)
みんなのテクニック(みんテク)、記念すべき第一回目は、どぶお自身が詰まっていることもあり、分子置換の進め方、です。~
すんなり行く時は、すんなり行ってしまう分子置換(MR)。しかし、ひとたび泥沼にはまると、こんな状況なら解が出ない方があきらめられたのに・・・というほどR値が落ちない。どーしてもあと1分子決まらない、など、置換の数だけ苦労があると言っても過言ではないでしょう。~
そんな状況を打開するみなさんのワザをお待ちしております。
** 分子置換の手順 [#k922a84e]
#anno2(2011-12-01 by どぶお)
私が分子置換を行う手順はだいたい以下の通りです。下に行くほど深刻です。
- MOLREP、PHASERはとりあえず並列で流す。ちょっとやって決まらなければ、とりあえずBALBESも流しておく。
- ループ部分を切ってみたりして、モデルをちょこっといじる。
- 空間群が間違っている可能性を考慮。とりあえず対称を下げてみる。指数付けで90°になっている角も実は微妙な違いで90°ではないということが案外あります。
- ダメモトでMrBUMPも流す。
- 処理プログラムを変えてみる(HKL2000、MOSFLM、[[XDS]])
- [[ARP/wARP>ARP_wARP]]、BUCCANEERなどでモデルを組んでみる
- プログラムのバージョンを変えてみる
私の場合、大体この辺で手詰まりかなぁと思います。
*** マップ拡張? [#jfed5df6]
#anno2(2011-12-13 by どぶお)
- 非対称分子が一部しか決まらないとき
-- SIGMAAで新たにmtzを作成
-- DMまたはSOLOMONでSolvent flatterning
-- さらに分子置換、など
--- で他の分子がみつかることがあるらしい
*** メモ [#l6cb9943]
:MOLREP, PHASER|分子置換をするならおなじみのプログラム。世間的にはPHASERが優勢な気がしますが、どぶお的に決まった構造はいつもMOLREPでした。設定項目が少ないのでスキです。
:BALBES|配列情報と構造因子があればモデルをサーチして自動で分子置換してくれます。バージョンは1.0.0以降がオススメ。
:MrBUMP|MOLREPとPHASERを駆使していろいろやってくれる自動分子置換プログラム。残念ながら私はこれで決まったことがありません・・・
:処理プログラム|私は普段MOSFLMを使わないので、その際は大体XIA2を使います。また、XDSの場合はXDSmeというシンプルなプログラムが存在して便利。
:ARP/wARP, BUCCANEER|自動モデルビルドプログラム。とりあえず分子置換で決まった解を使って再構築してくれますが、大体は決まった以上のモデルにはならない気がします。
** コメント・投稿 [#v04bffa2]
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